为了解北京南海子麋鹿苑麋鹿寄生虫感染情况、影响因素及优势虫种进化情况,本研究通过追溯调查、蠕虫虫体检查、饱和食盐水漂浮法、水洗沉淀集卵法、片形吸虫卵检测与计数和改良抗酸染色法对麋鹿苑内麋鹿兽医卫生状况、麋鹿粪便虫卵、麋鹿活动区土壤虫卵及湖中医学贝类情况进行了调查,并对麋鹿优势虫种进行分子系统学分析。结果表明:（1）北京南海子麋鹿苑麋鹿2018～2019年寄生虫总感染率（阳性率）为82.76%～100%,感染的寄生虫主要有线虫、吸虫、绦虫和原虫,其感染率依次降低,以线虫和吸虫为主,还存在两类、三类和四类寄生虫混合感染的情况;2018年春季麋鹿粪便样品寄生虫平均感染强度为2586个/g,2018年秋季为15.67个/g,2019年秋季为14.32个/g,表明北京南海子麋鹿苑麋鹿普遍存在寄生虫感染情况,且春季寄生虫感染比秋季严重。（2）北京麋鹿苑麋鹿的主要寄生虫有血矛属线虫卵、毛圆属线虫卵、蛔虫超科线虫卵、钩口科线虫卵、带属绦虫卵和小袋纤毛虫卵,优势虫种为血矛属线虫和毛圆属线虫;血矛属线虫与Gen Bank中多株捻转血矛线虫ITS-2基因序列相似性为97.8%～99.6%,故该麋鹿源血矛属线虫为捻转血矛线虫,其与澳大利亚牛源及印度山羊源捻转血矛线虫分离株的遗传距离均为0（最小）,在进化树上处于同一支;毛圆属线虫与Gen Bank中已知的多株蛇形毛圆线虫ITS-1序列相似性为92.9%～94.1%,故该麋鹿源毛圆属线虫为蛇形毛圆线虫,与印度绵羊源蛇形毛圆线虫的遗传距离最小（0.025）,在进化树上所有序列中两者遗传关系最近。（3）北京南海子麋鹿苑麋鹿活动区的深层（90～95 cm）土壤样品中寄生虫卵检出率为100%,中层（30～35 cm）和浅表层（2～7 cm）检出率为33%;检出的虫卵主要有蛔虫超科线虫卵、鞭虫卵、带属绦虫卵,表明麋鹿苑土壤深层寄生虫卵数多于中层和浅表层。（4）麋鹿苑内人工湖水中检出了螺,淤泥中螺的检出率为100%,检测到环棱螺属、沼螺属、赤豆螺,以环棱螺属的螺为主,其可能成为广州管圆线虫、华支睾吸虫和抱茎棘隙吸虫的中间宿主。（5）北京南海子麋鹿苑内寄生虫感染与生活环境关系密切,影响麋鹿寄生虫病流行的主要因素为驱虫和轮牧不够,粪便和水塘未进行无害化处理,随粪便排出的虫卵成为循环感染的重要因素。因此,保护区应加强对寄生虫的定期监测,降低饲养密度,定期对保护区内麋鹿活动区域土壤及水体进行无害化处理,减少寄生虫感染,以保障麋鹿种群的健康发展。