增值税作为我国的主要税种之一,因增值税专用发票可以抵扣,所以虚开增值税专用发票的现象屡禁不止。近两年国家税务总局提出打虚打骗专项行动,但虚开增值税专用发票的形势依然严峻。论文选取自2015年以来虚开增值税专用发票案件62例,其中,“漳洲市聚善堂药业有限公司诉稽查局案”、“中国油门油料销售有限公司诉税务局案”、“德令哈慧通商贸有限公司诉税务局案”及“巴州麦博尔工贸有限责任公司诉稽查局案”最为典型。该类案件一般涉及五个争议焦点,税务机关是否具有主体资格及法定职责、认定行政相对人虚开增值税专用发票的违法事实是否准确、证据是否充分、法律适用是否适当、程序是否合法。在实务界,虚开增值税专用发票存在行政与刑事案件中的认定标准不明、证据衔接不畅、法律适用不畅及程序违法的问题。首先,认定标准的问题,应当运用法律思维,独立适用民法、税法、刑法,运用民法判断交易是否合法,运用税法判断是否产生增值额、纳税义务,运用刑法判断是否构罪。行政案件中三流一致的认定标准转为实质的三流一致。其次,证据衔接的问题,设置虚开专票行政案件与刑事案件的证据衔接机制,编撰相应的实务指引。再次,法律适用的问题,修改滞后的法律、法规,提升税收立法层次,制定专门的法律并出台新的司法解释。最后,程序合法性的问题,归纳征纳双方应对行政程序的违法行为并提出相应建议,促使征纳双方依法行政、依法维权,共同维护发票管理秩序,营造一个稳健的经济发展环境。