全面预算管理对企业而言是一种成功的管理手段，但在公共服务领域，由于不是所有的经济活动都直接与利润最大化相联系，所以全面预算的制定对于非营利性组织来说有所不同。由于非营利性组织的经济行为涉及的受益群是社会的全体成员，因此，其经济行动的首部曲——全面预算的编制不可忽视。医院对社会民生的影响在非营利性组织里占着重要的地位。随着市场经济体制的不断发展，非营利性医院管理体制改革的不断深入，预算会计环境已经发生了很大的变化，医院预算管理中暴露的一些问题，对医院全面预算管理的编制提出了新的要求。陈旧的运行模式和计划经济的管理思路，使医院存在财务管理意识不强、成本核算基础相对薄弱等问题，不利于建立科学、完善、有弹性的预算管理体系。尤其在事业会计制度下，不同于企业以产品为对象进行成本归集的预算管理，医院实行的是大收大支核算，收支分别按医疗、药品等项目进行比较粗糙的归类，因此难以制定成本定额，预算目标的分解落实亦缺乏有效手段。以某医院为例，针对非营利性医疗机构目前全面预算管理存在的问题进行研究，从我国非营利组织的特殊性以及社会目标着手，选择合适的全面预算管理编制程序和方案、采用“零基预算”的编制方法，在预算控制与变更以及预算考评与激励采取有效的措施来加强非营利性医疗单位的全面预算管理。制定与执行预算的过程，就是医院不断用量化的工具使自身的经营环境、拥有的经济资源和医院的发展目标保持动态平衡的过程。