慧能禅学与阳明心学是中国佛教与儒家思想的典型代表，而从华夏民族精神生活的多样性与互补性来看，两者又以不同的理论方式同时构成了我们的文化心理。基于中国文化重视“人学”的环境以及阳明心学受到禅宗乃至整个佛教影响的背景下，慧能禅学与阳明心学呈现出极其复杂的交融与差异的理论形态，这一点，突出地表现在其核心范畴“自性”与“良知”之上。因此，深入研究“自性”与“良知”在慧能禅学与阳明心学背景下的含义，并在此基础上对两者进行合理的比较，无疑对理论思想对话和现实精神安顿都具有重要的意义。
　　慧能所言之“自性”兼指“真如本性”与“阿赖耶识”。作为“真如本性”，“自性”并非宇宙生成论意义上的“本源”亦或形而上学意义上的“本质”，而是体现为“不起妄念的当下现实之心”，“不起妄念的现实心”也即“真心”，与“真如”构成不一不异的关系。此“现实之心”本具“般若之智”，如果能任其自然运行而无内外执著，则当下解脱、顿悟佛道。作为“阿赖耶识”，“自性”是指性本如空的如来藏受无始虚伪恶习熏染而成的“识藏”，此“识藏”即缘起一切法的功能所在。不同于传统佛性——如来藏思想的是，“自性”一词于“当下现实之心”的意义中同时容纳了“真如本性”与“阿赖耶识”，在缘起的意义上来说，它既是“真如缘起”又是“赖耶缘起”，“真如缘起”是指以“真如”为“依因”的缘起，而“赖耶缘起”是指以“阿赖耶识”为“生因”的缘起，这也正是慧能“直指人心”的真正含义。建立于“真如本性”与“阿赖耶识”的意义上，“自性”的特征主要有“清净性”、“无为性”、“智慧性”、“禅定性”以及“含藏性”等。王阳明理论下的“良知”更加强调了“良知”作为“是非之心”的一面，“是非之心”是不同于经验性的意念或思虑的一种“道德自证分”，这是一种当下具足的直接道德意识。此“自知”性的道德意识在现实中是以具体的“道德情感”作为其实现方式的，在此意义上，“良知”即为“当下纯粹道德意识的现实呈现”，以此“现实呈现”的道德情感流行于世，世界便因此而呈现为一种人的意义上的“善”的世界。从人赋予这个世界以“善”的角度来看，“自在之物”并非阳明所关心处，他在默认“自在之物”的客观性存在的前提下，更加强调的是“意义之物”因“人心一点灵明”而显示出自己的“存在”，在此主客交融互摄的“生成”境域中，“良知”作为宇宙之本便体现为一种“心外无物”。阳明所言之“良知”，完成了“有”与“无”的合一，作为“有”，“良知”是指“是非判断”之道德准则、“真诚恻坦”之仁者情怀；作为“无”，“良知”是指“原无一物”之清明湛一、“随物而化”之了无挂碍。在此基础上，“良知”的特征便表现为“寂然不动”之“定”、“未发之中”之“正”以及“廓然大公”之“公”。
　　慧能所言之“自性”与阳明所言之“良知”在思维方式层面具有相似性，但其具体内容与境界追求又具有很大的差异性。从“现实之心”与“道德情感”、“般若之智”与“是非之知”、“缘生世界”与“意义世界”等方面的比较来看，“自性”与“良知”的相似处主要体现在“当下性”、“非实体性”、“本具性”、“明觉性”等；而其差异之处主要体现在“伦理价值”方面、“智慧内容”方面以及看待世界的“净妄、善恶”等方面。作为同建立在中国传统文化土壤之上的慧能禅学与阳明心学，在交融与差异的理论形态下，以“出世不离入世”和“入世不离出世”的互补性方式共同组成了我们的内在精神世界与生命价值追求。