核损害赔偿责任中的归责原则和责任构成要件是从受害人的角度出发，规定在何种情况下，由营运者承担责任，而免责事由是从维护营运者的利益出发，规定营运者在什么情况下可以免责。通过免责事由制度，平衡了双方当事人的利益，协调了法律关系主体的冲突，发挥了法律定分止争的功能。
　　核损害作为特殊的侵权行为，其侵权责任免责事由与一般侵权责任有所区别，侵权责任法中的免责事由类型不能全部适用到核损害中，例如正当防卫、紧急避险、第三人过错等均不能在核损害中适用。目前，存在较大争议的免责类型是“自然灾害”。各国在福岛核事故发生后对“自然灾害”免责类型争议较大，其中，作为福岛核事故发生地的日本对该讨论更为激烈。东京电力公司认为，这一次的自然灾害应当属于《核损害赔偿法》规定的“异常且巨大的自然灾害”，主张如果对免责条款作太严苛的解释，将导致“促进原子能事业繁荣发展”的立法目的难以实现，故要求适用该条款。行政机关认为是否属于“异常且巨大的自然灾害”应当根据现有的最新知识判断，在立法初期已经充分讨论过地震、海啸引起核事故发生的可能性，并对此作出预防，同时核事故发生的最主要原因是应急防护系统不完备致使供电系统断电，这属于人为过失，不应该免责。司法机关认为能够免责的仅限于“目前没有过的经历、无法想象”的自然灾害，本次地震的强度比不上阿拉斯加地震和苏门答腊地震。学者们认为在判断本次地震是否属于“异常且巨大的自然灾害”之前，先要明确免责规定中“由…原因造成的”的“由”是核事故发生的直接原因还是唯一原因或是其他原因。
　　通过分析、总结日本各界对“自然灾害”免责事由的争议问题，发现了我国核损害免责制度存在以下问题：第一，关于核损害免责事由规定的细化程度不足。《核安全法》中规定了战争、暴乱等作为免责事由的情形，但该法条对免责情况进行概括式列举，对其中的“等”没作相应的说明；第二，核损害免责事由内容上存在缺陷。《核安全法》中规定的“因”，是损害发生的唯一原因还是主要原因或者是其他原因都没做具体的规定，当出现战争与其他介入原因同时存在时，是否会导致因果关系的中断，如果导致因果关系中断，营运人是否会因该因果关系事由的出现而不能适用免责条款；第三，核损害免责事由种类设置上存在缺失。核损害免责事由包含的种类不完善，其最直接导致的后果是立法目的的失衡,即重于保护受害者的利益，轻于保护营运人的利益。
　　上述问题应当通过立法来完善，核损害免责事由制度设立的目的应侧重于保护核设施的营运人。对此，要确定战争、武装冲突、暴乱等情形是核损害免责的主要事由；删掉“等情形”；增加核损害免责事由类型。