新时代背景下，城市公共交通飞速发展，大力发展城市轨道交通是缓解全市道路交通压力的决定性措施。本文选择对城市轨道交通列车运营组织中的列车停站方案进行研究，由于城市与城市之间的发展格局和客流分布不甚相同，尤其是一些具有特殊地理形态的城市轨道交通系统的发展，需要对列车运营组织方案进行特殊分析研究，科学、有效、安全地运营组织轨道交通运输是发展轨道交通事业的重中之重，本文结合出行者的出行选择行为，在多种交通方式竞争的情况下对轨道交通列车停站方案进行分析研究。　　本文采用系统的观点和定性与定量分析相结合的研究方法，在理论上系统地探讨适合于河谷型城市结构轨道交通的停站方案，通过对河谷型城市结构和轨道交通线路的深入研究，总结出此特定城市轨道交通的客流特征，并使用transcad进行交通出行方式选择分析，并进行相应变量的灵敏度分析，得出影响出行者的具体因素，并在此基础上，建立以出行时间最短为目标的0-1整数规划模型，最后用matlab进行求解，得出符合出行者和运营方利益的列车停站方案。论文从理论上深入探索适合此类特定城市结构的轨道交通停站方案，并以兰州市地铁一号线为实例进行验证。