二代测序技术在智力障碍/全面性发育迟缓病因诊断中应用探讨

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ufo747
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目的:采用基于二代测序拷贝数变异检测(Copy Number Variations Sequencing,CNV-seq)及三人家系全外显子组测序技术(trio Whole Exome Sequencing,trio-WES),探索不明原因全面发育迟缓(Intellectual Disability/Global Developmental Delay,ID/GDD)患儿遗传学病因,探讨诊断策略,评估其在GDD遗传病因诊断中的价值。方法:收集2016年6月至2019年12月就诊于福建省妇幼保健院门诊不明原因的ID/GDD患儿65例患儿外周血样本,在Illumina Nova Seq 6000(美国Illumina公司)测序仪上进行测序,测序所得数据通过CRCh37/Hg19参考基因组比对,并查阅数据库进行对比,采用美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)评分体系,分析CNVs的致病性。采用FISH精确概率法分析不同临床表型与CNVs检出率关联,采用分组计数资料卡方检验分析不同发育商(Developmental Quotient,DQ)/智商(Intelligence Quotient,IQ)组间患儿CNVs检出率差异。阴性样本行trio-WES,检出基因变异位点采用ACMG变异分级体系及三要素分级体系判定致病性并进行sanger测序验证。采用描述性分析法分析致病SNV特征、FISH精确概率法分析CNVs阳性与SNV阳性患儿临床表型差异。Mc Nemar’s检验比较单独CNV-seq检测与CVN-seq联合trio-WES检测方法阳性率差异结果:65例患儿共检出29例阳性结果,22例CNVs阳性(22/65,33.8%),其中致病性CNVs 15例(15/65,23.1%),含非综合征或数据库未定义的致病变异2例;可能致病性CNVs4例(4/65,6.2%);临床意义不明CNVs3例(3/65,4.6%),涉及11个已知综合征。7、10、14、15、22号及X染色体CNVs比例较高。65例患儿中面容异常12例。CNVs阳性组8例(8/22,36.4%),CNVs阴性组4例(4/43,9.3%),组间有显著性差异;器官畸形12例,CNVs阳性组7例(7/22,31.8%),CNVs阴性组5例(5/43,11.6%),组间有显著性差异。不同DQ组间患儿CNVs检出率有显著性差异。7例SNV阳性(7/65,10.8%),3例为AD遗传,均为新发变异;4例为AR遗传,其中3例为复合杂合变异,1例为纯合变异。CNVs阳性组与SNV阳性组患儿在临床表型上无显著性差异。CVN-seq联合trio-WES检测较单独CNV-seq检测阳性率有显著性差异。结论:基于NGS的CNV-seq和trio-WES联合检测可提高阳性率,为明确ID/GDD的遗传学病因提供了新的方式,是现阶段值得推广的检测策略。中国ID/GDD人群中CNVs高发染色体可能与国外不同。伴有面容异常、器官畸形及中、重度ID/GDD患儿中有较高CNVs阳性率。
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