IL-33、IL1RL1基因GWAS阳性位点与广西壮族哮喘的关联研究

来源 :广西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qianxiaojiong
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目的:探索全基因组关联研究中IL-33基因rs2381416、rs928413和IL1RL1基因rs3771180、rs13408661、rs1420101、rs10197862这6个阳性位点与广西壮族哮喘人群发病的关联性,为探明壮族哮喘人群的遗传学发病机制提供线索。方法:采用病例对照法,以113例哮喘壮族哮喘患者和104例壮族健康受试者为研究对象。采集外周静脉血提取基因组DNA,然后通过GWAS目录数据库选择位于IL-33、IL1RL1基因的rs2381416、rs928413、rs3771180、rs13408661、rs1420101、rs10197862这6个位点,联合SNP数据库分别设计上述6个遗传位点的引物,经过多重LDR-PCR基因分型后运用测序仪进行位点的基因型图谱鉴定。应用SPSS 22.0、SHEsis软件分析研究对象的基本特征、Hardy-Weinberg平衡检验、基因型分布差异、等位基因型频率分布差异及各位点的不同遗传模型与哮喘的关联性。运用Haploview 4.2进行位点的LD分析,并进一步行单倍型分析,研究各单倍型与哮喘之间的相关性。结果:1.基本特征的分析结果:病例组及对照组之间的性别、平均年龄和BMI差异无统计学意义(P>0.05)。2.各位点与哮喘的关联分析结果:(1)病例组和对照组中的基因型、等位基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。(2)IL-33基因rs2381416、rs928413及IL1RL1基因rs3771180、rs13408661、rs1420101、rs10197862这6个位点在广西壮族人群中存在多态性。(3)6个位点的基因型、等位基因型频率在两组间的分布差异无统计学意义。(4)不同遗传模型(包括等位基因模型、纯合子模型、杂合子模型、显性模型、隐性模型)状态下6个位点与哮喘的相关性均显示无统计学意义。3.各位点之间连锁不平衡及单倍型分析结果:位于IL-33基因的rs2381416和rs928413之间存在连锁不平衡(D`>0.8)和“强LD”(r~2>0.33);位于IL1RL1基因的rs3771180、rs13408661、rs1420101、rs10197862这4个位点之间均存在连锁不平衡(D`>0.8),rs3771180与rs13408661、rs10197862以及rs13408661与rs10197862之间存在“强LD”(r~2>0.33)。通过Haploview 4.2在以上存在连锁不平衡的位点之间构建单倍型:rs2381416、rs928413构成单倍型块1,rs3771180、rs13408661、rs1420101与rs10197862组成单倍型块2;单倍型块1的单倍型AA、AG、CG在病例组及对照组间的分布未见明显差异(P>0.05),单倍型块2的单倍型GGCA、GGTA、TACG、TATG单倍型在病例组及对照组间的分布差异无统计学意义(P>0.05)。结论:(1)IL-33基因rs2381416、rs928413位点在广西壮族哮喘人群中存在多态性;(2)IL1RL1基因rs3771180、rs13408661、rs1420101、rs10197862位点在广西壮族哮喘人群中存在多态性;(3)前述6个位点的基因型、等位基因型频率及其遗传模型分布在壮族哮喘与正常人群中无差异。(4)由rs2381416、rs928413位点组成的AA、AG、GG单倍型以及由rs3771180、rs13408661、rs1420101、rs10197862位点组成的GGCA、GGTA、TACG、TATG单倍型可能与广西壮族哮喘发病无关。
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