在重大突发公共卫生事件中,大数据技术在监测疫情后续发展、分析确诊病例行踪轨迹、制定后续防疫政策、排查潜在风险人员等环节上都发挥了不可替代的作用。以新冠肺炎疫情为例,在各地通过对个人信息的收集处理取得明显成效的同时,由于在个人信息收集、处理、公布等环节存在各种问题,个人知情同意权和公开涉疫信息之间的冲突,公民自身和信息收集主体对个人信息保护意识淡薄等原因,导致一些地方出现很多过度使用、滥用、泄露的现象,这不仅严重侵扰公民日常的生活工作,同时也不利于疫情防控工作的顺利开展。由于在疫情期间收集涉疫人员的个人信息属于法定许可情形,无须取得个人同意,这难免会与公民的个人信息权益产生一定的冲突。因此,在做好利用个人信息实现高效防控的同时保护好公民的个人信息权益是一个亟需解决的难题。本文首先从个人信息的概念入手,分析个人信息权益的法律属性,并对个人信息权益和隐私权进行区分,论证在重大突发公共卫生事件中保护个人信息的必要性;其次,对目前疫情防控中个人信息保护现状进行反思和分析;最后,通过对域外经验进行分析、借鉴,以合法性原则、比例原则、最小范围原则、公开透明原则和安全原则为基础,针对疫情防控中个人信息保护的现状,提出完善措施,为重大突发公共卫生事件期间的个人信息保护问题贡献自己的一份微薄之力。