论文部分内容阅读
獐(Hydropotes inermis)是一种原始的小型鹿科动物。由于生境的破坏及人类活动的干扰,中国獐种群数量锐减,而上海地区的獐于20世纪初绝迹。为了保护獐及增加上海城市多样性,上海地区于2006年启动獐的重引入项目。随着上海地区重引入獐种群的扩大,该种群迫切需要科学的遗传管理以保障种群的健康发展。为此,本研究采集重引入獐血液样本,通过检测其血液生理生化指标以初步建立其健康理化指标的参考区间;利用线粒体DNA分子标记技术评估重引入獐与野生种群遗传多样性关系;筛选微卫星引物用于评估上海重引入獐遗传多样性,分析个体间及各重引入地点种群间的遗传关系。结果如下所示:1.建立反映獐健康状况的血液生理生化指标参考区间血液生理生化指标是反映动物健康状况的重要手段。本研究对131只獐29项生理生化指标进行检测,非正态性检测值用四分位间距(IQR)表示其指标区间,初步建立了上海重引入健康獐的血液理化指标参考区间,并结合采样时间(月份和年份)、环境因素(圈养和人工养殖)和个体差异(个体性别、年龄和妊娠期)进行回归分析,结果发现妊娠和非妊娠期獐的15项理化指标值呈现显著性差异;上海地区建立的圈养种群和舟山来源人工养殖的补充种群的13项理化指标值呈现显著性差异。2.基于线粒体DNA的D-loop和Cytb序列对上海重引入獐进行遗传多样性分析本研究中测得上海地区114只重引入獐的Cytb序列和102只重引入獐的D-loop序列。114条Cytb共定义6个单倍型,单倍型多样性(Haplotype diversity,Hd)为0.4673,核苷酸多样性(Nucleotide diversity,π)为0.0091;102条D-loop序列共定义9个单倍型,Hd为0.9794,π为0.00468。与2006年研究中的野生獐种群遗传多样性的研究相比,上海重引入獐遗传多样性水平有所降低,但对比其他鹿科动物π和Hd,上海重引入獐遗传多样性仍然处于中高等水平。为探究现上海地区重引入獐与其他地区獐的遗传关系,本研究结合来自浙江舟山、江苏盐城、江苏大丰、江西吉山和朝鲜半岛獐Cytb与D-loop序列分别构建ML系统发育树。Cytb序列和D-loop序列的ML系统进化树结果一致,上海重引入獐与浙江舟山獐并未分化成两个支系;舟山和盐城地区獐的遗传关系较近;中国境内,江西吉山獐与上海重引入獐遗传关系最远。中介网络图显示舟山獐的单倍型为原始单倍型。3.筛选微卫星引物对上海重引入獐进行遗传关系分析本研究从已发表的55篇文献中整理出獐及其近缘物种开发的52对微卫星引物,最终筛选出18对能够稳定扩增出微卫星DNA片段的引物。本研究基于18对微卫星引物对96只重引入獐进行研究,结果发现上海重引入獐种群的平均期望杂合为0.626(0.323-0.854),平均多态性信息含量为0.576(0.286-0.816),与驯鹿杂合度(0.3736-0.5299)和多态性信息含量(0.5654-0.7144)相比,上海重引入獐的遗传多样性水平较高。上海重引入獐种群的遗传分化系数为0.03(Fst<0.05),且利用STUCTURE软件对4个小生境獐种群结构进行分析,上海4个生境中的獐种群未出现遗传分化。本研究对筛选出的18个微卫星位点的多态性信息含量、连锁不平衡性和PI(指无亲缘关系或同胞个体之间具有相同基因型的概率)进行分析,结果发现11个微卫星位点多态性信息含量较高(PIC>0.25),无连锁不平衡位点,且联合累积PI值较低,即11对微卫星引物即可达到对獐进行个体识别的要求。而11个微卫星位点的累计排除率(CEP)为99.99%,得到12组拟子-父-母关系。综上所述,本研究初步建立上海地区重引入獐健康血液的理化指标参考区间,以备后期对重引入獐健康状况进行实时监控;Cytb、D-loop和微卫星分子标记的研究结果表明獐的遗传多样性水平较高;本研究筛选出的11对微卫星引物可用于上海重引入獐的个体识别和亲缘关系鉴定。总之,管理人员可根据本研究的结果深化上海地区重引入獐遗传管理的研究,制定科学的保育措施及种群遗传管理计划,使上海重引入獐种群能够持续的健康发展。