随着“后基因组时代”的到来,蛋白质分子对接成为蛋白质组学主要的研究方向。蛋白质分子对接是两个或多个蛋白质分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程,要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合,发生相互作用,继而通过适当的构象调整,得到一个稳定的复合物构象,在药物设计中有十分重要的意义。而生物实验测定蛋白质复合物相对困难,所以,用计算机预测分子间的结合模式倍受关注。本文包括三个部分。首先,从蛋白质数据库中提取两个蛋白质,称分子量较大的为受体,分子量较小的为配体,受体分子和配体分子的名称分别为5CHA和2OVO,同时定义配体分子和受体分子的数据模型和存储结构;然后,利用几何互补的原则给出了基于网格匹配的对接算法,该算法要求首先将受体和配体植入网格中,再进行全空间进行搜索,寻找对接位置;最后,搜索将得到的大量对接位置,本文将所有位置信息整理、过滤和打分,并以数字形式表现出来。