柴胡（Bupleuri Radix）是我国最常用的大宗中药材之一,自上世纪80年代开始人工栽培,但在进入21世纪后才逐渐取代野生柴胡成为商品柴胡主流产品。在此之前的很长时间中,人们对野生柴胡的利用长期处于多基原物种混用的状态,而《中国药典》收录仅有柴胡Bupleurumchinense和狭叶柴胡B.scorzonerifolium二个基原物种。由于柴胡属植物形态辨识不易,野生分布区广泛且多物种重叠,不同产区原就有不同的使用习惯,在栽培柴胡发展初期存在着大量近缘易混品被引种栽培的情况,并且在较短的栽培历史中难以剔除。究竟我国目前栽培柴胡的基原状况如何,尚未见较全面的收集与鉴定;同时,长期以来栽培柴胡均依照野生柴胡的分类标准进行鉴定,由于栽培措施导致栽培柴胡的形态特征发生了一定的变化,以及种内多样性的存在,致使栽培种质鉴定令人困惑,与其对应的鉴定方法体系未很好建立,为栽培柴胡的识别和利用带有诸多限制。本研究通过文献调研、市场调研和产地调研明确中国栽培柴胡主产区分布、大致品种和存在的主要问题,继而对各主产区进行样品采集、试验田种植及观察比对,联合应用原植物及药材的形态学鉴别、显微鉴别、DNA条形码鉴定和叶绿体基因组分析等多维鉴定方法,相互验证并确认鉴定结论,系统全面梳理了中国主要栽培柴胡种质特征并进行准确鉴定。主要研究结果如下:（1）栽培柴胡资源调查通过市场调研发现,柴胡药材以栽培品为主,产于甘肃、山西、陕西及黑龙江,野生柴胡主要来自于内蒙古,物种基原标示不明确,均以柴胡之名流通。药用部位以根为主,也有少数柴胡地上部分在市场中出售。通过产地调研发现各主产区主流的种质均不相同,有的地区不止一个,总计有6种主要的栽培种质,且各地区之间存在相互引种的现象。通过对文献调研发现,同一种质类型存在不同鉴定意见,不同物种间有时存在着一致的鉴定序列。（2）栽培柴胡种质基原确定联合形态性状鉴定、显微分析、DNA条形码鉴定和叶绿体基因组分析等多维鉴定方法,首次系统全面的梳理了中国主要栽培柴胡种质并准确鉴定,明确了栽培柴胡中基原争议种质和易混淆种质的基原归属。其中,甘肃、陕西、山西三省主要栽培种质相互间存在形态差异,但基原均为北柴胡B.chinen,se为北柴胡种下的三种不同类型。黑龙江地区栽培种质主要为红柴胡B.scorzonerifolium,除大面积栽培以上两种《中国药典》收载的柴胡外,甘肃省还栽培有窄竹叶柴胡B.marginatum var.stenophyllum,河北地区和黑龙江地区种植有三岛柴胡B.falcatum。（3）栽培柴胡鉴定方法建立在准确鉴定各栽培柴胡的基础上,通过形态学鉴别研究,首次系统研究确定了栽培柴胡相对野生柴胡主要的变化特征,同时得出栽培柴胡种质间的主要区分特征,包括以往未有记载的柴胡形态区别特征7项,在此基础上建立了适用于栽培柴胡原植物及药材的鉴定检索表;从四个常用的通用DNA鉴定条形码（ITS,psbA-trnH,rbcL,matK）中筛选出适用于栽培柴胡鉴定的DNA条形码ITS用于栽培柴胡种质鉴定,验证形态学鉴定结果;进一步采用叶绿体基因组分析鉴定并确认形态鉴定和DNA条形码鉴定的结果,同时为开发适于栽培柴胡物种及不同产地种质鉴定更有效的分子标记,筛选出具有区分效果的SSR分子标记及叶绿体基因组DNA条形码用作栽培柴胡鉴定的补充分子标记或条形码。结合修订的栽培柴胡鉴定检索表、显微特征、标准的DNA鉴定条形码序列、叶绿体基因组及新的分子标记,建立的鉴定方法大大提高了鉴定的准确性和有效性,有利于栽培柴胡质量监控及评价工作的开展,对进一步开发栽培柴胡资源,安全有效地利用柴胡资源具有重要意义。本论文研究也可为有类似问题的药材如山药、桑椹、枸杞子等物种基原鉴定和分类分析提供参考。