基于TCGA数据库构建宫颈鳞癌放疗抵抗lncRNA相关的ceRNA调控网络及miR-204的初步验证分析

来源 :广西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qiuyucen
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目的:放疗抵抗是导致宫颈癌(Cervical Cancer CC)同步放化疗失败的主要原因,其分子机制尚不清楚。近年来lncRNA的ceRNA(lncRNA-miRNA-mRNA)调控机制在癌症中成为研究热点,但在宫颈鳞癌(Cervical Squamous Cell Carcinoma CSCC)放疗抵抗中的报道较少。本研究基于TCGA数据库利用生物信息学技术构建CSCC放疗抵抗lncRNA相关的ceRNA调控网络。接着,基于构建的ceRNA网络选择靶分子miR-204为研究对象,在不同放疗敏感性的CSCC组织和CSCC细胞中进行表达水平和功能的验证分析。方法:1.根据纳入研究标准从TCGA筛选到67个CSCC放疗抵抗样本和23个放疗敏感样本,整理RNAseq数据和相应临床信息,通过edger包分析,选取|log FC|>1.5且P<0.05的差异表达基因,进而借助Ensenbl、miRcode、Targetscan和Tarbase等数据库获得DElncRNA-DEmiRNA和DEmiRNA-DEmRNA关系对并运用Cytoscape绘制ceRNA调控网络。另外,为进一步筛选更加可靠的分子靶标,我们继续探索DEmRNA在GO和KEGG中的功能富集分析、DElncRNA分别与临床病理特征和DEmRNA之间的相关性分析以及ceRNA中所有RNAs与预后的分析。2.收集32例不同放疗敏感性的CSCC组织,应用q RT-PCR实验方法检测miR-204的表达情况,并分析其表达水平在不同临床病理因素中的意义。同时选择Si Ha(放疗抵抗)和Me180(放疗敏感)CSCC细胞株进行miR-204表达水平的检测,继而采用慢病毒载体构建miR-204稳定转染株,通过体外增殖及凋亡实验等对miR-204可能调节放疗敏感性功能研究做初步探讨。结果:1.基于TCGA不同放疗敏感性的CSCCRNA-seq表达谱数据共鉴定出565个差异mRNA、237个差异DElncRNA和16个差异miRNA,其中17个DElncRNA、3个DEmiRNA和15个DEmRNA参与构建ceRNA调控网络。GO、KEGG富集分析提示DEmRNA显著富集在细胞组成中的膜的组成部分、质膜和粗面内质网三个过程和参与c AMP信号通路、视黄醇代谢、抗坏血酸和藻酸盐代谢、神经活性配体-受体相互作用和凋亡-多种等。2.q RT-PCR结果显示miR-204在放疗抵抗组组织和细胞系中表达明显低于放疗敏感组组织和细胞系(P<0.05),且miR-204低表达与肿瘤大小有关(P<0.05);但PCR结果显示,相比me180细胞,miR-204的靶基因TRPM3在Si Ha细胞中呈现低表达,与我们前期预测结果不一致。体外实验显示,在Si Ha细胞转染miR-204并结合放疗可以增加细胞凋亡水平和抑制细胞株增殖能力,进而提高细胞对放疗的敏感性。结论:1.本研究首次成功构建CSCC放疗抵抗lncRNA相关的ceRNA调控网络,经综合分析,猜测LINC00461、MIAT、ERVMER61-1--miR-204--LY6G6D,TRPM3,LY6G6F;PSORS1C3、TLR8-AS1、FAM181A-AS1--miR-204--LRRC55轴可能与CSCC放疗抵抗的产生机制有关,尤其是MIAT-miR-204-TRPM3轴,为后续选择靶分子研究提供了重要依据。2.在宫颈鳞癌放疗抵抗的组织和细胞中miR-204的表达水平均显著低于放疗敏感的组织和细胞,且miR-204低表达与宫颈鳞癌较大的肿瘤体积有关,与前期ceRNA网络结果一致,初步暗示了构建ceRNA调控网络筛选候选靶分子的价值;但TRPM3的PCR结果与预测结果存在相反趋势,说明在CSCC放疗抵抗中,该基因很可能不是miR-204的下游靶基因,具体机制尚需要进一步探索。3.在Si Ha和Me180细胞株中成功构建miR-204过表达稳转株,并且在转染miR-204过表达成功的Si Ha中证实miR-204可以调控CSCC放疗敏感性,为后期继续验证miR-204调控CSCC放疗敏感性的机制研究奠定基础。
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