头颈部鳞状细胞癌与自噬相关lncRNA生物信息学分析

来源 :南方医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mongming8125
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景:头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是指发生于头颈部多个解剖部位的鳞状细胞癌,全球每年新发病例约有500,000例,其中晚期预后较差,五年生存率仅在50%左右。喉癌在头颈部恶性肿瘤中发病率排行第三。吸烟、酒精依赖、HPV感染等都是头颈部鳞状细胞癌的危险因素。目前的治疗主要有手术治疗及非手术治疗,如放疗和化疗、靶向治疗、免疫治疗。HNSCC的基因、RNA、蛋白、分子信号通路的研究日益增多,但自噬相关长链非编码RNA的生物学作用至今仍未得到明确的研究。自噬在肿瘤发展中的作用与相关基因的状态有内在的联系,不同的状态的基因可以调节自噬过程从而促进或抑制肿瘤的发生,而lncRNA可以通过相应的信号轴调节自噬基因的状态。研究目的:本研究旨在分析识别HNSCC及其细分的喉癌中自噬相关lncRNA的种类以及其影响肿瘤发展的信号旁路,初步分析认识其分子机制及对病人预后的影响。材料与方法:本文从肿瘤基因组图谱(TCGA)中TCGA-HNSC下载相关的RNA数据及临床数据,其中HNSCC的RNA数据有45例来自于正常组织,501例来自于头颈部鳞状细胞癌组织,临床数据共有528例;喉癌的RNA数据有11例来自于正常组织,112例来自于头颈部鳞状细胞癌组织,临床数据共有117例。通过运行R语言,得出自噬相关lncRNA,将相关结果进行单因素及多因素Cox回归分析,明确该自噬相关lncRNA对HNSCC或单独对喉癌具有抑癌作用抑或促癌作用,并将结果制出相应图表进行可视化展示,运用软件Cytoscape得出自噬相关lncRNA与自噬基因的共表达关系。同时,进行生存分析、独立预后分析、受试者工作特征曲线、临床相关分析揭示本研究的自噬相关lncRNA对病人预后的影响及生存模型的可信度。结果:1.通过生物信息学技术,研究得到了 12个自噬相关lncRNA与头颈部鳞状细胞癌的预后相关,其中具有抑癌作用的lncRNA包括AC040977.1,AL450992.2,AL357033.4,RAB11B-AS1,AL139158.2,AC108010.1,AC104083.1,具有促癌作用的 lncRNA 包括 AP002884.1,LINC00958,AC010894.2,AC022031.2,AC103702.2;另外 12 个自噬相关 lncRNA 与喉癌预后相关,其中具有抑癌作用的lncRNA包括AC009113.1、AC008280.3、AF001548.2、LINC00324、AL391244.1,具有促癌作用的 lncRNA 包括MYOSLID、AL121899.1、AC007405.3、UCA1、AC012640.2、DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11、AL513318.2。2.预后分析结果中,风险评分是影响HNSCC或单独影响喉癌生存预后的重要因素,风险评分越高,预后越差。年龄、肿瘤分期、TNM的各分期也一定程度影响预后。3.使用GO和KEGG的功能富集的探索自噬相关lncRNA的信号通路,未得到有统计学意义的结果。结论:结合其他研究得出 LINC00958、UCA1、MYOSLID,RAB11B-AS1、LINC00324这5个自噬相关lncRNA有望成为头颈部鳞状细胞癌早期诊断、治疗的靶点。
其他文献
研究背景和研究目的慢性鼻窦炎伴鼻息肉(Chronic rhinosinusitis with nasal polyps,CRSwNP)是耳鼻喉科最常见的炎性疾病之一,首选保守治疗,对于已出现并发症,或鼻息肉较大影响呼吸的情况则需要手术,且该病反复发作亦是较棘手的临床挑战。既往研究提示,CRSwNP的发生发展机制尚未完全阐明,其病理表现主要为鼻黏膜上皮细胞增殖异常、排列紊乱,已知Yes相关蛋白(Ye
一、目的超声内镜(EUS)的应用日益增多,主要应用于胆胰疾病患者的诊断和治疗。经内镜逆行胰胆管造影术(ERCP)是诊断和治疗胆胰疾病的重要手段,但其作为侵入性操作,存在一定创伤和风险。EUS安全性好,诊断胆胰疾病的准确性高,可减少部分诊断性ERCP的应用。ERCP术前EUS检查对即将进行的ERCP有何影响,目前研究尚无明确结论。本课题研究目的:探究ERCP术前进行EUS检查对胆胰疾病患者行ERCP
研究背景:慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)严重危害人类健康,中国肺健康研究中流行病学调查显示,中国总患病人数约9990万,已构成我国重大疾病负担。慢阻肺诊断和评估主要依赖于症状、肺功能检查,然而肺功能评估需要专业的仪器和严格的质控要求。肺音是由受过训练的专科医生应用听诊器进行肺部听诊(Auscultation)而获得,早期研究发现肺音减弱及喘鸣音的产生与气道阻塞相关。然而,慢阻肺诊断、治疗和预防全球
背景和目的帕金森病的认知功能障碍中,执行功能障碍通常可出现在帕金森病的早期,并对患者生活质量产生重要影响。近年来关于帕金森病患者认知功能相关的大脑的影像学研究结论尚不一致,PD患者执行功能及信息处理速度可能与背侧纹状体和额叶区域之间的多巴胺能神经递质环路相关,本研究旨在探索PD非痴呆患者的认知功能改变的特征,尤其是在执行功能和信息处理速度方面的变化,同时通过1H-MRS研究PD患者前额叶、前扣带回
目的:随着人口老龄化加剧,高血压、冠状动脉粥样硬化型心脏病、肥胖症等疾病的罹患率明显升高,致使心力衰竭的患病率也持续上升,预计至2030年,心力衰竭的患病率将增加至46%,并且心力衰竭将仍然是全世界主要的死亡原因。对于终末期心力衰竭患者,内科药物治疗与机械循环支持无法改善患者长期生存率,同时伴随心脏移植手术外科技术的改进与心脏保存方法、术后免疫治疗的不断进展,心脏移植仍然是终末期心力衰竭的最佳治疗
研究背景:间充质干细胞(Mesenchymal stem cells,MSCs)存在于多种组织中,具有自我更新能力,多向分化潜能和免疫调节功能。因此,MSCs是细胞治疗、组织工程研究中一种重要的种子细胞和基因治疗载体。近年来,人们尝试从各种组织中提取间充质干细胞,迄今为止,MSCs可以从多种组织中分离包括骨髓,牙齿,脂肪,外周血,皮肤,羊水,脐血和胎盘等组织提取。目前对人骨髓间充质干细胞的研究最为
[背景]顺铂是一种十分有效的抗癌药物,它会产生活性氧物种(ROS),如超氧阴离子,可以耗尽耳蜗中的抗氧化保护分子。这些过程通过诱导凋亡导致耳蜗毛细胞死亡。氧化应激是一种病理状态,通过自由基作用的氧化应激直接或间接参与许多疾病的发病机制,包括内耳疾病。氧化损伤激活多种细胞内应激信号传导途径,包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族,肿瘤蛋白53,AKT/PKB途径,NF-κB,Janus激酶(JAK)
研究背景糖尿病性黄斑水肿(diabetic macular edema,DME)是世界范围内视力损害的主要原因之一,抗VEGF药物已经成为DME的一线治疗方法。在临床上有一部分DME合并肾功能异常的患者对抗VEGF药物反应较差,有些患者治疗后黄斑水肿反复,需要再次注射,表明肾功能可能影响DME治疗的效果。目的研究肾功能对抗VEGF药物康柏西普治疗糖尿病性黄斑水肿疗效的影响。方法回顾性分析,将DME
脑卒中,特别是缺血性脑卒中,是全世界范围内患者发病及死亡的主导诱因。颈动脉粥样硬化病变的进展会增加患缺血性脑卒中的风险。为了深入理解动脉粥样硬化的病理机制及评估和监测动脉粥样硬化的进展,载脂蛋白E基因敲除(ApoE-/-)小鼠被广泛应用于动脉粥样硬化疾病的研究。磁共振血管壁成像技术通过抑制血管内的血流信号获取血管壁等静态组织的信息,能对动脉粥样硬化斑块的形态和成分进行有效的评估。弛豫增强快速采集序
光声断层成像(Photoacoustic tomography PAT)能够对生物组织进行无创横断面成像,且具有较好的光学对比度和超声成像深度。在PAT中,短激光脉冲照射生物组织后,组织的光吸收域由于温度升高,发生热弹性膨胀而产生超声波。位于组织外的阵列传感器检测到超声信号,利用图像重建算法获取生物组织内的吸收能量分布图。一般来说,PAT的空间分辨率可以用成像系统的点扩散函数(Point Spre