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木荷(Schima superba)为重要防火树种和优质的用材树种,生长于我国南部亚热带气候区,具有一定的经济价值和研究价值。本研究采用限制性酶切位点关联DNA测序(RAD-seq)技术将179份木荷种质资源作为材料,获取了丰富的多态性SSR和SNP位点,基于r语言中遗传分析软件包对木荷进行了遗传多样性分析、主成分分析等。利用SNP位点对木荷群体亲缘关系进行分析,揭示其遗传多样性规律。本研究为将来进一步开发一批特异性强、稳定性高SSR和SNP位点提供基础数据,有利于木荷种质资源保护与利用,为木荷种质资源鉴定分析、高密度遗传连锁图谱的构建和重要遗传性状的关联分析奠定基础,主要结果如下:1.木荷SSR分子标记开发。采用高通量测序技术分析木荷基因组原始数据,经生物信息学软件对木荷基因组序列进行序列拼接、组装和对比,共获得308418条Contig序列和459984条Scafford序列。采用MISA软件搜索木荷基因组序列中微卫星位点,共得到个334843个SSRs序列,总长度为5074708bp,占木荷基因组大小的0.98%,木荷基因组SSRs序列平均长度为15.2bp,平均分布频率为644个/Mb。木荷SSRs序列中,单核苷酸序列数量最多,共188217个,占木荷SSR序列总数的56.21%,其次是二核苷酸(23%)>三核苷酸(13%)>四核苷酸(5%)>五核苷酸(2%)>六核苷酸(1%)。木荷全基因组SSR序列中共包括400种重复基元,其中一至六核苷酸重复基元中A、AT、AAT、AAAT、AAAAT以及AAAAAT是主要重复基元,分别占总SSRs的56%和11%,SSR基元的重复次数分布在4到40次,主要分布在4到25次。本研究丰富了木荷分子标记类型,为进一步群体遗传结构和遗传多样性分析提供了基础数据。2.木荷SNP分子标记开发。分析木荷SNP序列共获得16383个多态性位点,分析测序得到的全部木荷基因组SNP信息,共获得转换位点112639个,颠换位点54916个,转换和颠换之比为2.05,木荷基因组各SNP变异类型数量从低到高排序为:CG
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