创新是引领发展的第一动力,是建设现代化经济体系的战略支撑。民营企业和国有企业均存在不利于创新的公司治理缺陷,有效的员工持股计划是提升两类企业激励效率、缓解公司治理缺陷,推动混合所有制企业长期融合发展的重要方式。与以往文献笼统地研究员工持股计划的作用不同,本文在区分员工持股计划与高管股权激励的不同作用的基础上,着重研究核心和非核心科技员工持股对企业创新的不同作用,以及它们在国企和民企两类企业上的作用的差异。具体来说,本文以2014-2020年实施员工持股计划的高新技术企业和尚未实施的对照组企业为研究样本,采用多期PSM-DID方法对比研究不同性质企业的不同员工主体持股对企业研发投入和专利产出的影响。本文发现:（1）与未实施员工持股计划的企业相比,实施企业的创新投入和产出在实施前不存在显著差异,实施后显著更高;（2）年轻企业的员工持股计划比高管股权激励更能促进企业创新,这样的差异在相对成熟的企业上会有一定程度的缩小;（3）相对于非核心科技员工,核心科技员工的持股对于企业创新的正向影响更大;（4）相比国有企业,我国非国有上市高新技术企业实施员工持股计划对企业创新水平的正向影响更高。但在采用核心科技员工持股这一指标时,不同企业性质带来的实施效果差异会得到一定程度的缩小。平行趋势和安慰剂检验验证了研究结论的稳健性。本研究表明,企业在制定和实施员工持股计划时要侧重于核心科技员工的激励,在国有企业混合所有制改革的过程中,要发挥员工持股计划在促进创新中的作用,尤其要充分调动核心科技员工的积极性,尽量减少非核心科技员工的股权激励占比。