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为了提高子孔径干涉仪对较大机械定位误差的补偿能力，本文提出了一种基于遗传算法的子孔径拼接算法。由于遗传算法有较好的全局寻优能力，本算法的寻优能力优于现有的基于最小二乘迭代的子孔径拼接算法。仿真的结果表明，在机械定位误差较大的情况下，本算法比现有的算法能更好地补偿机械定位的误差。以全口径测量结果为基准，实验结果也表明，在机械定位误差较大的情况下，本算法具有更好的机械定位误差补偿能力。