m6A,m5C RNA甲基化修饰酶表达与胃癌相关性分析

来源 :年中国肿瘤标志物学术大会暨第十五届肿瘤标志物青年科学家论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:samallhu
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胃癌是严重危害人类健康的常见恶性肿瘤之一,其发生发展受遗传变异,表观遗传修饰,转录组变化等多方面影响。RNA甲基化修饰是表观遗传调控机制的重要途径之一,在肿瘤发生,进展和预后中起重要作用。m6A和m5C是RNA甲基化修饰的主要位点,其异常修饰与多种肿瘤的发生有关。为探究RNA甲基化修饰异常在胃癌中的作用,本研究分析RNA甲基化m6A和m5C的相关修饰酶在胃癌中的表达模式及其与胃癌患者病理特征的相关性。以15个m6A甲基化相关修饰酶基因和14个m5C甲基化相关修饰酶基因作为研究对象。下载The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库中胃腺癌患者的RNA-seq数据和病例临床信息,分析上述基因在患者肿瘤组织和癌旁组织中的表达水平,其中25个基因在肿瘤组织中表达显著上调,提示RNA甲基化修饰酶的异常表达可能与胃癌有关。利用R语言,通过LASSO套索回归,分析29个基因的异常表达与胃癌的预后关系并筛选关键基因,鉴定对患者预后起关键调控作用的5个基因:RBM15,ZC3H13,DNMT1,FTO,ALKBH5,确定回归系数,根据风险评分构建风险模型。其中,RBM15和DNMT1可作为患者预后好的标志物,即其高水平表达有利于胃癌患者生存,而FTO则相反。以ROC曲线检验模型准确性,5年生存期患者ROC曲线下面积为0.692,提示该模型具有一定精准度。根据风险评分将胃癌患者分为高风险组和中低风险组,对两组患者做预后差异和临床病理特征分析,发现患者总体生存期和肿瘤病理分级存在显著性差异,且高风险组患者预后更差。风险评分和患者临床病理特征的单因素和多因素Cox回归分析表明,肿瘤确诊年龄和基于该风险模型所得的胃癌风险评分可作为胃癌患者预后的独立风险因素。综上,本研究发现5个RNA甲基化修饰相关酶的异常表达可作为胃癌患者的预后评价指标。进一步解析RNA甲基化修饰酶在胃癌发生进展中的关键调控作用,将为胃癌患者的治疗策略指定和预后评估分析提供重要的指导意义。
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