【摘 要】
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目的 通过全基因组关联研究(GWAS)和表达数量性状基因座(eQTL)分析方法 ,全面阐明遗传变异(SNP)在食管鳞癌发生发展过程中的调控作用.方法 人类基因组上能够影响基因mRNA 或蛋白表达水平的遗传变异位点称为基因表达数量性状基因座(Expression quantitative trait locus,eQTL).检测SNP 与mRNA 或蛋白质表达量之间是否有关联的统计分析,称为eQTL
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院
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目的 通过全基因组关联研究(GWAS)和表达数量性状基因座(eQTL)分析方法 ,全面阐明遗传变异(SNP)在食管鳞癌发生发展过程中的调控作用.方法 人类基因组上能够影响基因mRNA 或蛋白表达水平的遗传变异位点称为基因表达数量性状基因座(Expression quantitative trait locus,eQTL).检测SNP 与mRNA 或蛋白质表达量之间是否有关联的统计分析,称为eQTL 分析.通过对GWAS 鉴定到的易感基因区域内的SNP 位点进行eQTL 分析,有可能发现直接影响相关基因表达、进而改变疾病发生风险的功能性SNP 位点.我们将通过eQTL 和GWAS 的整合分析,系统阐明SNP 在食管鳞癌中的作用.结果 通过对实验室已有的94 例食管癌组织以及配对正常组织的全基因组测序和转录组测序数据进行eQTL 分析,我们分别在食管癌组织和癌旁正常组织中找到16,984 和54,445 个eQTL(FDR ＜0.05).另一方面,通过对前期的SNP 分型数据进行全基因组范围上的基因型填补,在2,022 名食管癌患者以及2,039 名正常对照中进行GWAS 分析,我们找到了16,544 个SNP(P＜ 1.0 ×10-5)与食管癌易感性相关.通过整合分析eQTL 和GWAS 的结果 ,我们找到了多个SNP 可以调控目的基因的mRNA 表达水平,同时影响食管癌的易感性.结论 在食管癌组织及癌旁正常组织中,遗传变异均可以调控目的基因mRNA 的表达水平,并且它们在一定程度上可以影响食管癌的易感性.
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