桑葚转录组SNP/Indel位点的挖掘及功能注释

来源 :石河子大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：ffyy5051

【摘要】

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单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记。桑葚是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统

【作者】

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王晖谢岩高玉军李季生王彬彬高妍夏

【机构】

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承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心

【出处】

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石河子大学学报:自然科学版

【发表日期】

：

2020年3期

【关键词】

：

桑葚转录组单核苷酸多态性插入缺失功能注释 mulberry fruittranscriptomesingle nucleotide polymorphi

【基金项目】

：

河北省科技计划项目(16226322D),河北省自然科学基金-青年科学基金项目(C2018406033),承德医学院青年基金项目(201823),承德医学院院级科研项目(201420)

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单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记。桑葚是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统育种方法为主,缺乏足够的SNP/Indel标记。本研究对3个时期"安葚"果实进行转录组测序,鉴定并分析桑葚转录组序列中SNP/Indel位点的特征,将含有SNP/Indel位点的Unigene通过GO、KOG/COG、KEGG数据库进行比对。结果表明:转换类型为SNP的主要类型。绿果期与黑果期转换类型中以A/G型最

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