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由于高校在国家创新体系中的重要作用，高校创新能力评价是当前科学评价领域的一个研究热点。本文在对国内外高校创新能力评价研究现状分析的基础上，首次利用层次分析法构建了高校创新指数评价指标体系并确定各指标权重。其次选取214所主要高校为样本计算其创新指数并进行对比分析。结果证明高校创新指数评价指标体系具有较强的科学性和合理性，创新指数对各高校的创新能力建设具有较好的指导作用。