“十四五”时期，我国生态环境保护进入了减污降碳协同治理的新阶段。流域承载了经济社会发展的巨大负荷，排放和消纳了大量温室气体和污染物，在流域尺度上推进减污降碳协同成为当前备受关注的问题。本文阐述了流域尺度上温室气体和污染物的协同减排机制，将流域划分为人工生态系统和自然生态系统，列举了不同生态系统间减污降碳协同的主要路径和重点技术，并以黄河流域、长江流域为例，分析了在流域尺度上减污降碳协同技术的具体应用情况。在负排放技术、农业面源污染控制技术和水体富营养化修复技术的支撑下，本文提出了细化流域水生态环境保护标准、建立监控预警和风险防控系统，构建污染源和温室气体排放源综合整治体系、健全流域管控机制，加大科技支撑力度、积极开展气候变化国际合作等对策建议，助推我国流域减污降碳协同。