目的 以SCI论文为指标,定量评价我国医学基础理论研究的水平、学科分布及趋势.方法 采用描述性统计分析法和5年滑动时间窗趋势分析法对ESI数据库中2004-2013年期间我国医学科技论文数量、篇均被引频次、学科分布及其变化趋势进行分析,从而综合评价我国医学基础理论研究的现状与趋势.结果 2004-2013年,我国医学科技论文共28.02万篇,全球排名第5,篇均被引频次仅为8.34,远低于全球平均水平14.11.在我国28.02万篇医学科技论文中,精神病与心理学、神经科学与行为学、免疫学和临床医学论文数占比分别为2.20％、7.59％、3.93％和40.67％,与全球在上述学科的占比6.71％、9.41％、4.62％和47.45％相比偏低,其他学科的论文数占比高于全球在相应学科的论文数占比.从发展趋势来看,5年论文数量的增长率高达22.24％,但5年篇均被引频次的增长率仅为2.03％.结论 我国医学基础理论研究数量大且增长迅速,质量低且提升缓慢,学科分布与全球存在差异,精神病与心理学、神经科学与行为学、免疫学和临床医学需重点加强.