上海市儿童医院(上海交通大学附属儿童医院)是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院。其前身是“上海难童医院”，由我国著名儿科学家富文寿教授、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐教授等前辈创建于1937年。该院是中国统代小儿外科的发祥地之一，拥有包括中国工程院院士在内的一大批蜚声国内外的儿科专家。
　　
　　重点学科
　　
　　国家级：临床遗传学
　　市级：临床遗传学、小儿急救
　　临床诊治中心：上海市危重新生儿会诊抢救中心、上海市先天性泌尿生殖系畸形外科疾病诊治中心、上海市儿童保健所、上海市儿童营养研究室、上海市儿童急救中心，上海市儿童康复中心、上海市儿童听力障碍监测与康复中心。
　　
　　特色科室
　　胸心外科
　　该科成立于20世纪70年代末，是国内较早开展小儿先心病外科手术治疗的单位之一。开展各类新生儿、婴幼儿的先心病手术。婴儿手术量占全年手术量的一半以上，最小患儿年仅50天，体重仅1.9千克。此外，该科还开展各类胸部肿瘤、食管及肺部疾病(如先天性肺囊肿，肺大疱，纵隔肿瘤，漏斗胸等)的诊治。
　　心脏内科
　　该科于1983年在国内率先开展心脏介入治疗。近年来，该科在小儿心律失常的诊治方面成绩突出，为较早开展小儿心内电生理检查和射频消融术的儿童专科医院之一。
　　呼吸科
　　该科每年诊治大量来自全国各地的疑难重症呼吸病患儿。学科特色包括：小儿呼吸系统感染性疾病的诊治、病原微生物及细菌耐药检测和监测、小儿哮喘及相关的过敏性疾病的系统诊治，以及小儿呼吸系统难治性疾病的诊治。
　　骨科
　　该科由著名小儿骨科专家朱葆伦教授创立。通过多年努力，该科已形成一套集手术治疗、矫形支具研制和康复为一体的综合治疗模式。该科与上海交通大学生命科学技术学院合作建立了儿童步态分析实验室和全国第一家儿童矫形支具研制中心，为股骨头无菌性坏死、发育性髋关节脱位，青少年特发性脊柱侧弯，先天性马蹄内翻足、扁平外翻足及四肢先天性畸形患者提供矫形支具矫形和术后康复治疗。
　　泌尿外科
　　该科成立于20世纪70年代中期，是全国成立较早的小儿泌尿外科之一，擅长各类小儿泌尿外科疾病，特别是泌尿系统畸形的诊治。2009年，该科成为上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”。同时，该科还积极开展内镜微创手术，在上海首先使用婴儿内镜进行尿道手术。
　　
　　特色医疗
　　小儿肾穿刺
　　小儿肾穿刺活检术，也称肾穿刺或肾活检，是在B超引导下，使用穿刺针经皮肤取人体右肾下极少量活体组织进行病理检查的一种临床诊断方法，广泛应用于肾脏疾病的诊断。该院肾脏科自20世纪80年代初以来，已累计完成4000余例肾活检，最小患儿年仅8个月。
　　射频消融治疗儿童心律失常
　　心内电生理检查和射频消融术是一种治疗反复发作性、药物控制不佳的快速性心律失常的技术。其主要工作原理是通过射频电流作用于产生异位心律的起搏点，使心肌细胞产生凝固性坏死，失去电生理活性，以达到根治目的。治疗后，患儿可免于长期服药。适用于4岁以上有反复发作性快速性心律失常，且药物控制不佳的儿童。
　　脱敏疗法治疗过敏性疾病
　　标准化特异性免疫治疗(俗称“脱敏治疗”)是一种可改变过敏性疾病(如过敏性鼻炎和过敏性哮喘)的自然病程，针对过敏性疾病病因的治疗方法。该院呼吸科于2004年成立特异性免疫治疗中心以来，已有300多例患儿接受治疗，取得良好疗效。