多组学联合分析神经胶质瘤中SOX4表达差异及临床意义

来源 :湖北科技学院学报(医学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong595
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目的 通过多组学分析探究SOX4(SRY-Box Transcription Factor 4)在恶性胶质瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)中的表达差异及临床意义。方法 从TCGA和GTEx数据库中下载25种肿瘤表达谱数据。采用R软件分析GBM和LGG组织中SOX4 mRNA表达差异。通过ScTIME Portal数据库分析胶质瘤单细胞中SOX4 mRNA表达情况。ROC曲线评估SOX4对GBM和LGG的诊断价值。通过基因富集分析(GO、KEGG和GSEA)筛选SOX4共表达基因功能。STRING数据库构建共表达基因相互作用网络(PPI)。利用cBioPortal数据库分析SOX4基因突变率。运用MethSurv数据库分析SOX4基因甲基化水平及其与预后的关系。通过ssGSEA分析SOX4表达与免疫细胞浸润相关性。结果 SOX4 mRNA在GBM和LGG中高表达。SOX4在GBM(AUC=0.978)和LGG(AUC=0.985)中诊断价值较高。基因富集发现37个SOX4共表达基因与外泌体及囊腔、神经脊分化、炎症反应、有丝分裂和DNA修复有关。SOX4在GBM和LGG中突变率分别为0.4%和1.5%。SOX4基因Cg22274825、Cg08625851、Cg00792966和Cg23780597位点DNA甲基化水平与GBM和LGG预后密切相关。SOX4与GBM和LGG中肿瘤免疫细胞Th2、Tgd、Tcm、TFH、T helper cells、pDC等密切相关。结论 SOX4是潜在的GBM和LGG诊断和预后生物标志物,有望成为神经胶质瘤的治疗靶点。
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