【摘 要】
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目的 从TCGA数据库中探究肿瘤突变负荷(TMB)与膀胱癌的相关性,有助于膀胱癌免疫机制的深入研究,为膀胱癌的免疫治疗提供更多的预测信息和机会.方法 对从TCGA数据库获取的共443例膀胱癌样本进行突变分析、依据TMB表达高低进行分组,并分析高低TMB组与临床相关性、预后值以及与免疫细胞的关联性.差异表达基因(DEGs)从TMB分组中识别而来,再进行功能分析以评估差异表达基因的潜在生物学功能.22个免疫细胞与TMB亚型的相关性的分析采用CIBERSORT算法推导.结果 443例膀胱癌样本的突变类型中最多的
【机 构】
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大理大学第一附属医院基因检测中心,云南 大理 671000
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目的 从TCGA数据库中探究肿瘤突变负荷(TMB)与膀胱癌的相关性,有助于膀胱癌免疫机制的深入研究,为膀胱癌的免疫治疗提供更多的预测信息和机会.方法 对从TCGA数据库获取的共443例膀胱癌样本进行突变分析、依据TMB表达高低进行分组,并分析高低TMB组与临床相关性、预后值以及与免疫细胞的关联性.差异表达基因(DEGs)从TMB分组中识别而来,再进行功能分析以评估差异表达基因的潜在生物学功能.22个免疫细胞与TMB亚型的相关性的分析采用CIBERSORT算法推导.结果 443例膀胱癌样本的突变类型中最多的是错义突变,变体类型最常见的是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).突变类型中单核苷酸变异(single nucleotide variant,SNV)以C>T突变为58755,占最大部分,其次是C>G突变为29935.研究发现膀胱癌中突变率居前三的基因分别是TP53、TTN、KMT2D,突变率分别为47％、40％、26％.其中存在互斥现象的突变基因是TP53和FGFR3,TP53与突变的RB1基因存在共现.出现共突变现象的是TTN基因与FAT4、ATM、MACF1、HMCN1、PIK3CA和MUC16基因.KMT2D基因和KMT2C基因存在共突变.在膀胱癌患者生存期比较中,高TMB表达组明显高于低TMB组,差异具有统计学意义(P=0.006).预测高TMB组膀胱癌患者预后较好.此外,TMB与性别(P=0.016)和肿瘤分级(P<0.001)具有相关性.差异表达基因富集分析在参与调控肾素-血管紧张素系统、P13K-Akt信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用和Ras信号通路等方面表现显著.此外,观察到CD8+T细胞、记忆激活CD4+T细胞、静息的NK细胞和肥大细胞的免疫细胞组成在高低TMB组中表达存在差异.结论 本研究通过探讨TMB与膀胱癌的相关性,发现TMB较高的膀胱癌患者可能在免疫治疗中获得较好的预后.CD8+T细胞和记忆激活CD4+T细胞亚群在高TMB组中表现出比较高的浸润丰度.
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