胃肠间质瘤（GIST）是胃肠道最常见的间叶组织来源肿瘤。手术完整切除是唯一的根治办法，但术后常常发生复发和转移。目前，治疗复发、转移和不可切除GIST的一线药物是甲磺酸伊马替尼（IM），超过80%的患者可以从IM治疗中获益，但是一半患者在治疗后2年内会发生进展，而继发性耐药则是造成疾病进展的一个主要原因。因此，对继发性耐药机制的深入理解，将指导我们在未来制定个性化治疗方案。本文从基因的改变、信号传导通路的异常激活、细胞自噬、细胞凋亡以及药物浓度等方面阐述IM继发性耐药机制，发现单一药物治疗IM继发性耐药患者具有一定的局限性，而使用IM联合下游信号分子抑制剂、自噬抑制剂、1型胰岛素样生长因子受体（IGF-1R）抑制剂、热休克蛋白90（HSP90）抑制剂、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4（CTLA-4）抗体和线粒体抑制剂为我们提供了新的治疗思路。但是这些联合治疗方案还在研究阶段，安全性和有效性还需进一步的临床试验去证实。对耐药机制的深入研究，将会为目前严峻的耐药问题提供更多解决的方向。