[目的]多黏芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)SQR-21是1株具有高效广谱拮抗作用的生防细菌,通过分析对照与处理组西瓜根系分泌蛋白种类的不同,明确SQR-21菌株对西瓜根系分泌蛋白的影响。[方法]水培条件下设置对照与根部接种SQR-21菌株2和4 d共4个处理,收集西瓜根系分泌蛋白并进行纯化,切取差异蛋白条带进行质谱检测与Gene Ontology(GO)分析。[结果]与对照相比,SQR-21菌株处理后西瓜根系分泌蛋白的种类发生了明显变化,且随接种时间的延长蛋白多样性增加。采用液质联用仪检测到12种差异蛋白:对照有3种,包括2种核糖体蛋白和1种酰基载体蛋白;处理组有9种,包括质体内在蛋白、ATP合成酶亚基、微管蛋白、热休克蛋白、原叶绿素酸酯还原酶等,主要参与细胞骨架构建与重组、提供生命能量、物质运输、信号传导、新陈代谢等。[结论]接种多黏芽孢杆菌SQR-21后西瓜根系分泌的蛋白种类发生了较大的变化。西瓜正常生长时主要分泌生命活动必需的基本蛋白,而接种SQR-21菌株后西瓜的代谢能力和抗性得到激发和增强,从而消耗更多的基本蛋白为自身机体所利用,将更多与提供能量、物质运输等相关蛋白分泌出体外。