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科学技术哲学学科所在的哲学与科学系是东南大学文科中的骨干系科,原名自然辩证法研究室,建于1982年5月,1985年更名为哲学与科学系,首任系主任是我国著名哲学家、曾任国务院学位委员会哲学学科评议组召集人萧焜焘教授。该系是以培养研究生为主的教学科研单位,现有伦理学一个博士点,有科学技术哲学、伦理学、外国哲学、马克思主义哲学四个硕士点和社会学一个本科专业。