自协同创新计划实施以来，南京工业大学高度重视协同创新工作，营造了全校关注、共同参与的良好氛围。2018年我校召开的第四次党代会上明确提出“固本强源、协同创新、奋力建成国内一流国际知名创业型大学”的目标，再次强调发挥协同创新工作的标杆和磁场作用。
　　“1+3+12”，构建三位一体协同创新体系
　　我校现有1个国家级协同创新中心——江苏先进生物与化学制造协同创新中心;3个省级协同创新中心——膜材料与膜过程协同创新中心、先进无机功能复合材料协同创新中心、先进生物制造协同创新中心;12个校级协同创新中心6家通过校级协同创新中心认定，6家作为校级协同创新中心培育。
　　国家级中心发挥“火车头”的示范引领作用，引领我校人才培养、学科建设和科技创新，作为我校“管理特区”，发挥体制机制“试验田”的作用，推进我校人才资源管理、绩效奖励等多项改革。省级中心作为国家级中心的支撑，校级中心作为国家级中心和省级中心的补充，全面构建“国家、省、校”三位一体协同创新体系。
　　国家级协同创新中心力辟体制机制创新“试验田”，先后在科研组织、团队建设、绩效评估、人才培养、资源配置与合作交流等方面进行了系列改革，同时省校级协同创新中心积极发挥“试验区”功能，对相关改革政策措施先行先试，构建了有效的协同机制和良好的协同氛围。从而优化战略协同机制，实现目标集成化、管理系统化，开创“互补型”“全方位”“嵌入式”的立体化协同模式和以重大任务为牵引、以交叉领域为抓手、以创新全链条为纽带、以“A+B”双机制为中枢的高效科研组织模式。
　　研究团队实行首席科学家指导下的“PI负责制”，选聘优秀科学家担任团队负责人（PI），PI围绕研究任务指定研究方向，定学术标准，并面向国内外引聘科研骨干组建团队，全面负责团队的任务实施和运行管理，享有充分的自主权和相应的条件支持，通过招聘工程技术人员，为团队提供科学研究和技术服务支撑，以“双基地”“双轨制”打造出一流的学术团队和管理团队。
　　“南工行动”整合创新要素和资源
　　为加快江苏化工行业转型发展进程，发挥高校科教优势，彰显南京工业大学化工学科与产学研协同创新的特色，国家级协同创新中心牵头启动“服务江苏化工转型发展南工行动”（简称“南工行动”）。“南工行动”通过整合校内外创新要素和资源，组织决策咨询服务行、产品技术服务行、环保安全服务行、装备信息服务行、人才平台服务行、管理法务服务行等六大行动小组，开展全方位、多层次活动，入园区、进企业、做服务、促转型。南工行动先后走进十多个化工园区，服务百家化工企业，输送了千名化工人才，减少了万吨级“三废”排放，取得亿元级经济效益，实现了“个十百千万亿”目标，为我省化工行业迈向中高端、增强可持续发展能力做出贡献。
　　我校各级协同创新中心围绕重大任务，通过实质性协同，充分整合创新主体，集聚创新资源，研制了系列高端化学品和新材料等高端产品，开发出“生物+”“膜分离”和“催化技术”等一批先进技术，取得了一系列标志性成果，为实现绿色智能制造、环境精准治理提供技术方案和成套装备，支撐了化工转型升级和战略新兴产业发展。
　　江苏先进生物与化学制造国家级协同创新中心绿色化工团队通过联合攻关，以化工生产全流程洁净化与智能化为目标，开发了环保化工一体化集成技术并实现产业化。分别与中盐常州化工股份有限公司等企业就氯化苄、氯甲苯、苯甲醛、氯代苯甲醛生产尾气综合治理、12000吨/年高浓度异丁酸盐废水资源化利用签订了技术开发合同。南通天时化工有限公司苯甲醛尾气综合治理和江苏德纳（滨海）有限公司12000吨/年高浓度异丁酸盐废水资源化利用项目已经投入使用，累计为企业减排废水6万吨/年，减少高VOC含量尾气排放1万吨/年，为企业创造经济效益3000万元以上。