企业的资本结构反映了企业资产与负债规模和数量的多少的比例,一个企业能够正常地运营,拥有一个健全的资本结构是非常重要的。它代表着企业相关利益者权利义务的关系,对提高企业价值完善企业治理起着重要作用。在农业上市公司中,我国目前有7家制种企业在沪深A股上市,但A股制种企业的资产负债率表现较高超过平均水平,而盈利能力则低于平均指标,对此需要采取相关对策来解决资本结构产生的问题,使得企业的成长性和发展性得到提高。本文以我国种业上市的隆平高科、登海种业、敦煌种业等七家公司为研究对象,选取沪深A股1997-2016年的相关数据为样本,对资本结构与经营绩效的相关性进行研究,得出资产负债率与经营绩效呈负相关,流动比率、速动比率与经营绩效呈正相关。同时通过回归分析以及当前种业上市公司存在的一些问题,对种业上市公司的发展提出了优化资本结构、提高经营绩效的对策,从而使得种业上市公司更好更快更优地发展,推动我国农业事业的积极发展。