【摘 要】
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猪流行性腹泻（PED）是由猪流行性腹泻病毒（PEDV）引起猪的一种急性高度接触性肠道传染病。为了解山东地区PEDV的遗传进化趋势，对2020—2021年收集的疑似猪流行性腹泻的临床病料进行RT-PCR检测。随后将处理好的病料上清液接种于Vero细胞进行PEDV病毒分离，并利用间接免疫荧光（IFA）进行验证，成功分离到一株PEDV毒株，命名为QH-202105。将分离株传代培养至第10代，提取RNA
【基金项目】
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山东省自然科学基金青年项目（ZR2021QC054）； 山东省重大科技创新工程项目（2020CXGC010801）； 山东省现代农业产业技术体系项目（SDAIT-08-01）； 山东省农业重大应用技术创新项目（SD2019XM007）； 高层次人才
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猪流行性腹泻（PED）是由猪流行性腹泻病毒（PEDV）引起猪的一种急性高度接触性肠道传染病。为了解山东地区PEDV的遗传进化趋势，对2020—2021年收集的疑似猪流行性腹泻的临床病料进行RT-PCR检测。随后将处理好的病料上清液接种于Vero细胞进行PEDV病毒分离，并利用间接免疫荧光（IFA）进行验证，成功分离到一株PEDV毒株，命名为QH-202105。将分离株传代培养至第10代，提取RNA后进行扩增并全基因组测序，结合NCBI下载的参考序列对分离株的全基因组和S基因进行核苷酸同源性比对、系统发育树构建分析，结果显示，分离株与美国分离株USA/Colorado/2013核苷酸同源性最高，为99.1%,与CHM2013株同源性最低，为96.5%。经S基因氨基酸序列分析显示，分离株QH-202105在S基因的N端有60多处突变，两处氨基酸插入（包括第59～62位氨基酸的QGVN 4个氨基酸插入，第145位氨基酸N的插入）和两处氨基酸缺失（第115～118氨基酸的缺失，第167～168氨基酸的缺失）。进化树分析结果显示，分离毒株QH-202105为G2基因群，与CH/HNAY/2015和CH/ZJCX-1/2012亲缘关系最近，属同一进化分支。在此基础上，应用PROVEAN对QH-202105的S蛋白突变氨基酸进行功能预测，结果显示，在1 361处（G→C）被判定为“Deleterious”,可以推测此处的突变对病毒的侵袭力可能存在间接影响。研究结果可为我国PEDV变异株的流行情况及防控提供参考。
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