猪流行性腹泻（porcine epidemic diarrhea,PED）是由猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）引起的一种以腹泻、呕吐、脱水和对哺乳仔猪高致死率为主要特征的急性、高度接触性的猪肠道传染病。PEDV可以感染各年龄段的猪,但哺乳仔猪更易感染,其死亡率和发病率接近100%。1971年该病首次在英国被发现,随后蔓延至欧洲及亚洲部分国家。2013年美国首次报道了PEDV感染,而后该病迅速蔓延至全国,造成了严重经济损失,从而使得PEDV受到世界各国的关注。我国2010年就曾爆发过严重的PED疫情。近年来,PED的流行更是越来越广泛,新的变异株不断出现,商品化疫苗与流行毒株的抗原性不匹配,免疫效果不佳,从而严重影响着我国养猪业的健康发展。鉴于目前对于新的PEDV流行毒株基因组特征及流行病学情况还不十分明确,本研究开展了以下几方面的工作,旨在为进一步阐明PEDV中国流行毒株的分子特点、致病性以及筛选新的、有效候选疫苗毒株等奠定基础。1.对2016-2017年间我国6个省份（甘肃、新疆、陕西、湖南、海南、河南）的仔猪腹泻情况进行了流行病学调查,并采集获得了134份腹泻粪便样品。同时,成功建立了PEDV TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法。经验证,该方法最低检测到240 copies/μL,并且仅可检测出PEDV,表明灵敏度和特异性均良好。同时,该方法批间重复和批内重复变异系数均小于1%,表明该方法重复性好。利用本研究建立的q PCR检测方法和常规PCR分别对上述样品进行了检测,结果表明,粪便样品中PEDV和猪嵴病毒（Porcine kobuvirus,PKV）的阳性率分别为54.4%（73/134）和17.2%（23/134）,且样品中未检测出猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus,TGEV）以及猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCo V）。值得注意的是,本研究首次在海南样品中检测到PEDV感染的存在,其阳性率为59.5%（25/42）。2.从73份PEDV阳性样品中分离到了11株PEDV流行毒株,对其进行了主要抗原S基因的序列测定,结果表明,这11株毒株,其核苷酸和氨基酸相似性与经典毒株CV777相比分别为93-94%和92-93%,并在S1区域都出现一处插入(A¹³³)和缺失(G¹⁵⁵)以及连续4个氨基酸的插入(⁵⁶NNTN⁵⁹)。上述结果提示2016-2017年中国PEDV流行毒株主要为G2基因型,并且与经典疫苗毒株在主要抗原基因S基因区域存在较大差异。本结果为了解和掌握2016-2017年我国PEDV的流行情况及基因多样性丰富了数据。3.对上述11株PEDV毒株分别进行体外细胞传代培养,从中成功分离到一株细胞适应毒株CH/HNPJ/2017（Genbank Accession:MF152604）。该毒株在P1代就出现典型细胞病变（Cytopathic effect,CPE）,随着培养代数的增加,病毒滴度逐渐增加并稳定在10⁷ TCID₅₀/mL以上。通过免疫荧光方法可以检测到呈现绿色荧光的PEDV病毒粒子。电镜检测可观察到直径约100nm大小的、近似圆形的病毒粒子,四周有S蛋白所形成的冠状病毒所特有的、典型的花冠状纤突。利用特异性引物对CH/HNPJ/2017毒株的全基因组序列进行了扩增和测序,系统进化分析结果显示该毒株位于G2b基因型亚群,与AJ1102和CHGD-01毒株亲缘关系较近,而与疫苗株CV777亲缘关系相对较远。特别值得注意的是,基因组测序结果显示CH/HNPJ/2017毒株在体外适应细胞传代过程中,其P6代S基因区域出现了12个核苷酸的插入。进一步通过与国内外已报到的不同基因型的毒株比对发现,仅有CH/HNPJ/2017毒株在该位置出现了插入突变。4.通过动物回归实验,PEDV流行毒株CH/HNPJ/2017的P4代细胞适应毒可感染仔猪,引起水样腹泻,甚至仔猪的脱水死亡,对仔猪具有较强的致病性。