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科学的自主性也称科学自主或科学自治。科学自主性是科学共同体的根本组成要素和本质属性，也是科学建制赖以存在的基础。很难设想，没有自主性，科学共同体还能继续屹立于社会。自主或自主性本来的字面意义是指一个系统“自我管辖”和独立于其他外部影响的能力。
科学获得自主性有一个历史过程。在近代科学孕育、诞生之时，在英国皇家学会成立前后，已经有科学自主性的诉求。随着科学的日益进步，科学自主性也稳固地确立起来。正如默顿所说：“在科学获得作为一种社会建制的牢固基础以前，它需要合法化的外部来源。只是到了后来，科学对其他体制化的价值的这种依赖性才开始缓慢地发生变化。科学逐渐获得一种与日俱增的自主性，如同一个人寻求良好的体魄或个人启示一样，它声称合法性为其自身所固有。”赖兴巴赫断言：“科学是它自己的主人，不承认它的范围以外还有什么权威。”拉特利尔的表述更为详尽：在现代社会中，科学朝着越来越复杂、越来越整体化，同时越来越自主的方向发展。科学的发展显得越来越独立于外部的、偶然的和相对不可控制的环境，而越来越维系于内部因素（均衡、扰动、再均衡、自组织）。科学的发展是一种越来越自我控制，因而自我引导奔向其目标的事业。
科学自主性一旦成为科学家的一种理念追求和科学共同体的建制规范，也就能对研究自由和科学独立发展起保障作用——这是科学自主性的重大功能。还是默顿眼光锐利：“一旦科学得到确立并带有一定程度的功能自主性，基础科学知识的学说作为一种自身独立的价值就成为科学家信念的一个组成部分。”
尽管科学自主性成为科学共同体的传统、规范和追求，但外部因素的影响乃至强制总是存在，甚至难以避免。但这种影响和强制毕竟不是万能的，因为科学的自主本性和科学共同体对自主性的追求，也力图在获得社会有利的支持和摆脱社会不利的控制之间寻找恰当的平衡。正是这种张力关系所造就的特殊自由，决定科学自主性的特征。
科学自主性特征之一是相对性。尽管所有的社会影响都决定科学的进化，但科学总是保持一定范围的独立性，因为科学有它自己的内部结构和行动过程，尤其是科学在其发展过程中形成高度概括化的概念框架和学科范式。
科学自主性的特征之二是协商性。内尔金说过：科学与社会之间的关系是“协商的契约”关系，它较少地依赖信赖，而较多地基于相互承认的自我利益和彼此依赖。在这种新关系中，一度被理所当然地视为毫无争议的权利的科学自主性和研究自由，更准确地被看做是协商一致和交换的产物。这种协议保护实验室和科学共同体的自主性。但是，这种契约是脆弱的，因为科学知识变成易受商业利益、公众需求和军事控制伤害的商品。重新协商科学自主性的压力已经变成争论。这些争论涉及科学中的保密、技术信息的公开披露、科学家控制研究的泄露和散播自由等问题。这反映政府对自由信息交流给予较大的限制，也反映科学职业中的结构变化——变化本身是科学共同体的规范和期望与当前的经济和政治现实冲突的张力之源泉。
科学自主性的特征之三是惯例性。齐曼在谈到这个问题时说：科学共同体内部的个人自治，与科学共同体在世界范围内的自治相关联。一个精致而广泛的社会活动，如现代科学，不能真正浮游于空气中。在自由处理其自身内部事务而不受外在当局影响的意义上，学术科学可以声称是一种独立的社会建制。这种自治是惯例性的。学术科学是一个涉及高度专门化和深奥研究的自足世界，它通过强调这些追求的可能及其与日常事务的距离来保护自己不受干涉。
科学为什么会呈现出自主性呢？大概有以下诸多原因：基础研究是科学自主性的基石和象征，科学的概念框架和研究纲领并不是根据某种“社会需要”塑造自己，科学的认识逻辑或发展逻辑成为科学自主性的核心；科学知识体系的价值中性有助于科学的自主性；科学规范结构或精神气质也成为科学自主性的原因之一，因为该规范保证科学研究的自我目的，禁止科学家牟取非正当的个人利益；还有一个重要原因是科学家的角色特点——科学家通常受雇于其他职业谋生，委托人不明确，科学未处在委托人的完全控制之下。
科学研究和科学建制需要社会和国家的必要支持，但是也要防止和抵制它们不合理、不恰当的干预。为了取得科学和社会双赢的结果，就需要科学共同体和社会集团或政府部门协商和协调。有证据表明，科学具有的影响越大，从而监控它的后果的重要性也越大，保护它的自主性便越发重要。本·戴维在提及这一点时特别指出，要同时监控科学的后果和保护科学自主性，所需要的恰恰是不偏不倚的、冷静的和独立的探究和判断的传统科学美德。
维护科学自主性不仅有利于科学，而且有益于社会。事实上，在科学发达、政治开放、个人自由的多元民主社会中，科学共同体也的确能够获得它的最大自主性，从而加速科学的进步，科学进步反过来又促进社会的和谐发展。为了维护科学自主性，社会和科学共同体都应该采取明智的态度；在二者之间出现冲突时，双方应该主动协调、理智应对。除此而外，科学家个人也是大有作为的。李克特提醒：把真正的科学活动局限在少数有个人责任感、以科学为乐事的科学家之中，可能有助于使科学在与社会文化的关系中保持自主性。
科学获得自主性有一个历史过程。在近代科学孕育、诞生之时，在英国皇家学会成立前后，已经有科学自主性的诉求。随着科学的日益进步，科学自主性也稳固地确立起来。正如默顿所说：“在科学获得作为一种社会建制的牢固基础以前，它需要合法化的外部来源。只是到了后来，科学对其他体制化的价值的这种依赖性才开始缓慢地发生变化。科学逐渐获得一种与日俱增的自主性，如同一个人寻求良好的体魄或个人启示一样，它声称合法性为其自身所固有。”赖兴巴赫断言：“科学是它自己的主人，不承认它的范围以外还有什么权威。”拉特利尔的表述更为详尽：在现代社会中，科学朝着越来越复杂、越来越整体化，同时越来越自主的方向发展。科学的发展显得越来越独立于外部的、偶然的和相对不可控制的环境，而越来越维系于内部因素（均衡、扰动、再均衡、自组织）。科学的发展是一种越来越自我控制，因而自我引导奔向其目标的事业。
科学自主性一旦成为科学家的一种理念追求和科学共同体的建制规范，也就能对研究自由和科学独立发展起保障作用——这是科学自主性的重大功能。还是默顿眼光锐利：“一旦科学得到确立并带有一定程度的功能自主性，基础科学知识的学说作为一种自身独立的价值就成为科学家信念的一个组成部分。”
尽管科学自主性成为科学共同体的传统、规范和追求，但外部因素的影响乃至强制总是存在，甚至难以避免。但这种影响和强制毕竟不是万能的，因为科学的自主本性和科学共同体对自主性的追求，也力图在获得社会有利的支持和摆脱社会不利的控制之间寻找恰当的平衡。正是这种张力关系所造就的特殊自由，决定科学自主性的特征。
科学自主性特征之一是相对性。尽管所有的社会影响都决定科学的进化，但科学总是保持一定范围的独立性，因为科学有它自己的内部结构和行动过程，尤其是科学在其发展过程中形成高度概括化的概念框架和学科范式。
科学自主性的特征之二是协商性。内尔金说过：科学与社会之间的关系是“协商的契约”关系，它较少地依赖信赖，而较多地基于相互承认的自我利益和彼此依赖。在这种新关系中，一度被理所当然地视为毫无争议的权利的科学自主性和研究自由，更准确地被看做是协商一致和交换的产物。这种协议保护实验室和科学共同体的自主性。但是，这种契约是脆弱的，因为科学知识变成易受商业利益、公众需求和军事控制伤害的商品。重新协商科学自主性的压力已经变成争论。这些争论涉及科学中的保密、技术信息的公开披露、科学家控制研究的泄露和散播自由等问题。这反映政府对自由信息交流给予较大的限制，也反映科学职业中的结构变化——变化本身是科学共同体的规范和期望与当前的经济和政治现实冲突的张力之源泉。
科学自主性的特征之三是惯例性。齐曼在谈到这个问题时说：科学共同体内部的个人自治，与科学共同体在世界范围内的自治相关联。一个精致而广泛的社会活动，如现代科学，不能真正浮游于空气中。在自由处理其自身内部事务而不受外在当局影响的意义上，学术科学可以声称是一种独立的社会建制。这种自治是惯例性的。学术科学是一个涉及高度专门化和深奥研究的自足世界，它通过强调这些追求的可能及其与日常事务的距离来保护自己不受干涉。
科学为什么会呈现出自主性呢？大概有以下诸多原因：基础研究是科学自主性的基石和象征，科学的概念框架和研究纲领并不是根据某种“社会需要”塑造自己，科学的认识逻辑或发展逻辑成为科学自主性的核心；科学知识体系的价值中性有助于科学的自主性；科学规范结构或精神气质也成为科学自主性的原因之一，因为该规范保证科学研究的自我目的，禁止科学家牟取非正当的个人利益；还有一个重要原因是科学家的角色特点——科学家通常受雇于其他职业谋生，委托人不明确，科学未处在委托人的完全控制之下。
科学研究和科学建制需要社会和国家的必要支持，但是也要防止和抵制它们不合理、不恰当的干预。为了取得科学和社会双赢的结果，就需要科学共同体和社会集团或政府部门协商和协调。有证据表明，科学具有的影响越大，从而监控它的后果的重要性也越大，保护它的自主性便越发重要。本·戴维在提及这一点时特别指出，要同时监控科学的后果和保护科学自主性，所需要的恰恰是不偏不倚的、冷静的和独立的探究和判断的传统科学美德。
维护科学自主性不仅有利于科学，而且有益于社会。事实上，在科学发达、政治开放、个人自由的多元民主社会中，科学共同体也的确能够获得它的最大自主性，从而加速科学的进步，科学进步反过来又促进社会的和谐发展。为了维护科学自主性，社会和科学共同体都应该采取明智的态度；在二者之间出现冲突时，双方应该主动协调、理智应对。除此而外，科学家个人也是大有作为的。李克特提醒：把真正的科学活动局限在少数有个人责任感、以科学为乐事的科学家之中，可能有助于使科学在与社会文化的关系中保持自主性。