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创新是企业持续发展的源泉和引擎，政府作为企业的监管者如何在财税规制设计上引导和促进企业进行自主创新，健全自身的造血功能是亟待破解的难题。本文基于企业自主创新的视角，对政府财税政策的选择上给出了一些建议，包括：加大政府科技投入规模；完善政府科技投入机制；改革增值税；完善所得税；优化税收优惠政策。并就自主创新财税政策的配套措施建设给出了一些政策性建议。