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随着系统生物学研究大数据时代的到来,高通量、高效的多组学联合分析已经成为园艺植物研究领域最热衷的高新技术手段。更多的研究将代谢组学和转录组学联合应用于果树生理遗传机制及其调控的解析,获得了不少研究成果。代谢组和转录组的整合,可以实现组学间的相互验证,既从转录层面预测代谢物的变化,又从代谢层面验证基因转录的结果;可以深入解析代谢谱和转录谱间的相互关系和果树各项生物系统的代谢机制。笔者综述了近年来国内外代谢组和转录组联合分析在果树的果实品质形成与调控、环境响应、免疫互作机制三方面的研究进展。