《良心的自由》一书在清教传统中追根溯源，考察美国宪法第一修正案的精神内核，即良心自由的观念。作者从思想史出发，讲述良心自由在英美的演变与兴衰，以及它最终又是如何以法律的形式，在第一修正案中得到承认。清教徒极看重良心自由的观念，而这一观念是来自《圣经》。
　　早在清教徒之前，路德面对罗马教廷的指控时，就用良心自由为自己辩护。他说：“除非用《圣经》的明证或清晰的理性说服我（我不能惟独信任教宗和议会的权威，因为众所周知，他们经常犯错并且彼此矛盾），因我被自己所援引的圣经所束缚，我的良心受上帝之道所左右。”在伊利莎白时代的英格兰对不从国教者采取容忍的态度，以帕金斯为代表的清教徒，表示他們的观点出于自己的良心，故无法违背之。
　　清教徒以良心自由的观念，划分出两个不同的领域。世俗权力只能管辖人的行为，以法律惩治外在的恶行。人的良心则高于一切人世的权力，它在上帝的主权下，只受上帝之道的约束。因此，良心自由的观念，预设了个人权利的重要性。此权利乃信仰自由的权利，它独立于国家和教会的权力而存在。
　　可惜，清教徒的思想，在英格兰并未得到普遍认可，良心自由的观念亦频遭挑战。与清教徒的良心观不同，有一种以艾姆斯为代表的神学观点认为，良心是遵循理性辩证法的外在过程，它不享有自由，良心问题都可以用逻辑辩证的方法加以解决。
　　随着清教徒移民北美，开拓殖民地，良心自由的观念开始在异域落地生根。除了个别地方，各殖民地的居民，均视良心自由为个人拥有的权利，并以之抵挡政府或机构对个人信仰的侵害。他们相信，“如果政府试图侵占这种权利，那么，它就将堕落成为暴政，并且人们必将行使自卫的权利”。由于有此观念，北美革命胜利后，各州宪法均设立了保障良心自由的条款。而在整个联邦，这种保障最后就体现于宪法第一修正案。良心自由的观念，跨越大西洋，经过两百年左右的时间，终于从早期清教徒的神学观念，制度化为美国宪法保障人权的基本条款。
　　在世俗化的年代，得鱼忘筌的人们有必要重新思考良心自由的观念。否则人们只会享受良心自由带来的人权保障，却忘了良心该向谁负责。而忘记这一点，便已迈出了失去自由的第一步。