基于TCGA和GEO数据库构建前列腺癌ceRNA网络并筛选相关lncRNAs

来源 :临床肿瘤学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户：KingofPriser

【摘要】

：

目的利用在线数据库识别前列腺癌中的差异表达基因(DEGs),并基于生物信息学构建前列腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法下载肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中前列腺癌的RNA

【作者】

：

尹冶丁明霞陈振杰王玉明

【机构】

：

昆明医科大学第二附属医院检验科,昆明医科大学第二附属医院泌尿外科

【出处】

：

临床肿瘤学杂志

【发表日期】

：

2020年11期

【关键词】

：

前列腺癌竞争性内源RNA(ceRNA) 差异表达基因(DEGs) 长非编码RNA(lncRNA) 微小RNA(miRNA) 信使RNA(mRNA) Prost

【基金项目】

：

云南省基础研究计划(昆医联合专项)资助项目(2019FE001-226),云南省科技人才和平台计划(院士专家工作站)资助项目(2019IC034),昆明医科大学第二附属医院院内科技计划资助项目(2020yk004)

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目的利用在线数据库识别前列腺癌中的差异表达基因(DEGs),并基于生物信息学构建前列腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法下载肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中前列腺癌的RNA测序(RNA-seq)数据和miRNA-Seq数据,筛选出差异表达长非编码RNA(DElncRNA)、差异表达微小RNA(DEmiRNA)和差异表达信使RNA(DEmRNA)。下载基因表达数据库(GEO)中GSE21036数据集的芯片数据,获取DEmiRNA,与TCGA中得到的miRNA取下调型交集。预测交集中miRNA的

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