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为探讨构建的重组外毒素融合蛋白B7-1-Linker-PE40和B7-2-Linker-PE40及其接头设计的合理性,应用核酸和蛋白质序列分析软件系统GOLDKEY,对上述重组外毒素融合蛋白的柔性、抗原性,亲水性,表位和二级结构等分子生物学特性进行了计算机模拟预测。结果发现它们分别保留了B7-1,B7-2和PE40的表位特征,没有出现新的表位,其柔性接头处的抗原性也极低。与B7-1,B7-2和PE40的一、二级结构比较发现。这两种融合蛋白各有数个氨基酸残基改变,有的氨基酸改变可轻微影响融合蛋白的二级结构。