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复杂肽段混合物的有效分离是高覆盖率地鉴定蛋白质混合物的前提。Shotgun蛋白质组学研究通常采用二维液相色谱（强阳离子交换色谱-反相色谱）分离后接串联质谱检测的方法。但由于离子交换色谱体系中含有高浓度的盐，使得在线分析的难度较大；而在离线分析时，也常因需要对高盐组分进行脱盐处理而易引起样品损失。因此，该文尝试用pH梯度替代盐梯度，实现pH梯度-强阳离子交换色谱方法应用于复杂肽段混合物的分离。通过对缓冲体系pH值的计算，优化了乙酸-乙酸铵体系线性pH梯度配合盐梯度的离子交换色谱方法，以及柠檬酸-氨水体系线性