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基于水资源-能源-粮食纽带系统视角，运用SBM-网络DEA方法，对黄河流域水资源-能源-粮食系统的投入产出效率进行测度，并通过Tobit模型分析系统效率的影响因素。结果表明：黄河流域水资源-能源-粮食系统效率整体呈现波动上升趋势，其中水资源系统是整个纽带系统中的“短板”;山东、四川、河南系统效率值较高，而甘肃、内蒙古、宁夏和青海始终处于低效率水平。人口增长以及气候灾害会对系统效率产生负向影响，而水资源丰度、治理效能、经济发展水平的提升均能促进系统效率增长；人口增长及城市化水平、气候灾害和经济发展水平对低效率地区影响较大；而水资源丰度、对外开放水平以及科技创新水平对中高效率地区影响较大。