陈寅恪与叶企孙在北平清华园期间就来往密切，堪称挚友。
　　当陈氏携家由港抵达桂林的消息报到中央研究院总办事处时，未等陈寅恪伏笔作书报告详情经过，叶开始为陈氏未来的生活打起了算盘。
　　1942年6月9日，叶致书李庄的傅斯年，大意说：陈寅恪已到桂林，史语所是否有聘其为专任研究员的打算？月薪多少？又说：“以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”
　　傅斯年接信看罢，心想这个叶企孙在杂事纷繁中还惦念着寅恪的工作和生计，其心可感，其情可佳，实乃寅恪不幸之中的大幸。但有一点是傅斯年断然不能同意的，这便是专职与兼职之区别，他在随后复叶企孙的信中说：陈寅恪来史语所任专职，则是傅氏本人及全所同人渴望日久之事，但由于中央研究院和本所有严格的制度和服务规程，故陈寅恪不能常住在桂林而遥领本所专任研究员之薪水，必须来李庄住在史语所租赁的房中办公，才可以拿专任之薪。如果陈果能来李庄，其薪金自应为六百元又临时加薪四十元。否则，不能为之。
　　按傅斯年的意思，既然我两次写信问陈氏来不来李庄，何时来李庄，并把李庄的地域特点、风土人情都作了详细介绍，但陈氏回信除了说自己“正在著作，九月可完”外，“绝未谈及到李庄事”。这让傅斯年深感不解又有点窝火，心想你到底是来还是不来，总该有个说法，如此装聋作哑是何道理？在此种心情驱使下，索性把叶信扔到一边不再搭理。
　　既然傅斯年不乐意再趟这道充满了疑惑与不解的浑水，而陈寅恪又明确表示要在广西大学当客座教授，等过一段时间再作迁川的打算，事情似应告一段落，无需别人再强行插手，节外生枝，以致平添烦恼。
　　想不到叶企孙对此种变局却视而不见，一根筋走到底，坚持非聘陈寅恪为史语所专职研究员而后快。按他的想法，既然在李庄的傅斯年不再理会，那就自己以总干事的身份和名义做主，于是提笔轻而易举地签发了聘书。
　　得知此事后，傅斯年满怀悲愤之情，于8月6日向叶企孙发出了一阵连珠炮式的“声明”，云陈寅恪“即为住桂林领专任薪，弟不能承认”等。同时他写下了“总处所发聘书，乃假定兄到李庄者”的电文，连同信件一同发了出去。
　　随后他怕陈寅恪接到电报后产生误会，又即刻修书一封，先是促其尽速迁川，对自己不满叶企孙发聘书之事，作了详细说明和解释。
　　陈寅恪这边已得到安抚，重庆方面的叶企孙迫于压力，亦来信向傅斯年做了道歉式解释，其理由大致是：梅贻琦在得知陈寅恪抵达桂林后，欲出川资招回这位史学大师继续服务于联大，以保存实际上的清华实力。叶企孙得知这一消息，既为中央研究院总干事，自然要为中研院的兴亡出谋划策，为抢在清华之前抓住陈寅恪，才与朱家骅紧急协商，在得到朱的同意后，顾不得繁杂的典章制度，于匆忙中直接从重庆向陈寅恪发出了聘书。
　　叶的动机已经明了，傅斯年的“暴怒”之火却未完全消解，他对叶的所作所为表示“盛意可感”之后，没有就此打住，而是在复信中不厌其烦地大谈清华、北大与中研院发聘书的不同。傅表示“为国家保存此一读书种子”，还要聘请陈寅恪就任史语所职。他以长者或老子辈对待孙子的架式，指令叶企孙再给陈寅恪发一聘书，并在信中亲自列出了聘书的文字格式。
　　接到傅斯年的指令，叶企孙甚感不快，回想自己属于清华响当当的二号人物，就连德高望重的梅贻琦也让着七分。而今身为中央研究院一人之下的总干事，居然连发个兼职人员聘书这种小事也要由“太上总干事”亲自授命，真是莫大的耻辱。叶企孙脸呈紫红色，愤怒地当着总办事处工作人员的面大声说道：“傅斯年此人太过于high-handed（霸道）了！”遂把傅信弃于纸篓不再理会。
　　叶企孙最终还是给陈寅恪寄发了“兼任”的聘书，但从此不再过问此事，至于陈寅恪是走是留，是死是活，一切都与他无关了。