高温胁迫常会对菜心（Brassica rapa var. parachinensis）生产造成较为严重的危害。为了挖掘与筛选菜心耐高温胁迫的分子遗传标记，本研究以耐高温和不耐高温的2个菜心品种为研究材料，通过高温处理后，提取两种菜心的地上部分和地下部分的总RNA进行转录组测序，对获得的转录组数据进行SNP/InDel分子标记分析。结果显示：获得平均高质量碱基数据量为8.63 Gb，平均占原始数据比例为93.52%。3个生物学重复样品相关性高，数据结果稳定可靠。在SNP分子标记中，每个样品SNP位点总数目平均为195 153个，纯合子变异体位点平均为151 428个，杂合子变异体位点平均为43 725个；转换类型共29 8797个，颠换类型共218 373个。每个样品基因的SNP密度分布具有相似数量趋势。SNP位点在同义编码区分布最多，达到了37.07%，其次是非同义编码区、基因上游区、内含子区和基因下游区，其余的位点占总量的比例均低于3%。InDel位点在内含子区分布最多，达到了30.47%，其次是基因上游区和基因下游区，其余的位点占总量的比例均低于5%。在SNP/InDel标记位点基因功能注释中，NR数库注释最多，为47 324个；其次为eggNOG、GO、Pfam、Swiss-Prot和KOG；注释到KEGG和COG数据库的较少，仅有15 433、14 447个。本研究结果为辅助耐高温菜心品种选育挖掘了大量分子标记，也为菜心分子标记辅助育种提供了一定的基础。