鸭瘟病毒UL10基因分子特性及转录时相分析

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对DPV UL10基因(GenBank登录号EU195100)进行了分子特性分析,利用RT-PCR对DPV UL10基因进行转录时相分析,结果如下:1.鸭瘟病毒UL10基因的分子特性分析DPV UL10基因全长1230bp,由409个氨基酸残基组成,等电点为9.05;UL10蛋白含有1个信号肽和8个跨膜区,主要定位于细胞质中。UL10蛋白含有15个潜在的磷酸化位点。序列对比分析表明DPV CHvUL10与与α疱疹病毒的核苷酸同源性较高,其核苷酸序列与Gallid herpesvirus 2、Psittacidherpesvirus1、Human herpesvirus 5和Meleagrid herpesvirus 1的同源性为54.5%,3.5%,41.5%和46.4%,表明它们可能功能相似。2.鸭瘟病毒UL10基因序列的密码子偏爱性分析DPV CHv株UL10基因在其它相关23株疱疹病毒之间高度保守,与α疱疹病毒的核苷酸同源性较高。相关数据显示DPV UL10同义密码子的使用呈偏爱性。DPV UL10基因与大肠杆菌、酵母及人密码子使用频率差值分别有27个,酵母有21个,人有29个。相关性分析显示DPV UL10基因密码子与酵母之间存在较显著关系(P<0.05)。3.鸭瘟病毒UL10基因的转录时相:根据DPV UL10基因和内参基因β-actin的保守序列分别设计了荧光定量引物,收集感染鸭瘟病毒后0.5h、1h、2h、4h、8h、12h、24h、36h、48h、60h、72h等不同时间段的鸭胚成纤维细胞,Trizol法提取RNA后进行逆转录,以cDNA为模板进行RT-PCR扩增。表明在0.5h最早检测到DPV UL10基因的转录产物,36h迅速放大,60h达到峰值,72h相对下降。
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