白桦雌雄花序转录组分析及SEP1基因的功能鉴定

来源 :东北林业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ljy2010
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白桦(Betua,platyphylla)是中国北方经济价值较高的树种,目前关于它的研究已经取得了很好的进展,但对于其开花发育机理还不是很深入。为了更多的了解白桦花期基因表达背景,本研究利用新一代高通量Solexa测序技术对白桦雌雄花序进行转录组测序,通过生物信息学分析发掘与花发育性状相关的候选基因,为后续开展功能基因研究和分子育种实践提供有价值信息;利用RACE和qRT-PCR技术,对白桦SEP1进行基因克隆和表达分析,并通过转基因拟南芥研究它的生物学功能。主要结果和结论如下:(1)白桦花序转录组测序的数据产量碱基数约合4.3G,总共进行了25,027,337次读数,总共产生107,102条Unigenes,其中雌花序49,516条,雄花序57,586条,长度在1kb以上Unigenes有32,706条,占Unigenes库总数的30.5%。(2)基于RPKM法,在雌雄花序转录组中得到2671条差异表达的Unigenes,其中有GO注释的1985条,COG注释的有971条,KEGG注释的有716条。(3)对样品SSR分析共得到8163的SSR位点;对样品中SNP的检测共获得10,845个SNP。(4)利用RACE技术从白桦中克隆了SEP1基因,全长为928bp,其开放阅读框为732bp,编码243个氨基酸。QRT-PCR表明该基因在白桦所有组织器官中都有表达,但在生殖器官表达量较高。(5)通过转基因拟南芥,发现bplSEP1基因不但能够调控花器官的发育,还可能调控侧生器官发育。
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