熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)属软体动物门(Mollusca)、瓣鳃纲(Lamellibranchia)、牡蛎科(Ostreidae)、巨蛎属(Crassostrea),别名蚝蛎,是一种半咸水型偏好中高盐度的牡蛎类群。原产于东南亚,在中国、韩国及日本等地呈自然分布。因其口感好,营养丰富,经济价值颇高,于1943年引种至美国东海岸后经大面积养殖。熊本牡蛎是我国华东及华南沿岸地区重要的养殖种类之一,主要分布于福建、广东、浙江等部分沿海地区。但因养殖需要,利用少数个体进行多代繁育可能会造成养殖群体的遗传多样性降低,种质资源退化等。因此,通过开发熊本牡蛎微卫星引物,对熊本牡蛎种质资源和遗传多样性进行调查,对熊本牡蛎的良种选育,促进其养殖业的发展有十分重要的现实意义。本研究采用磁珠富集法从熊本牡蛎基因组中开发高多态性微卫星分子标记,并利用其中的13对多态性引物对2个养殖群体和7个野生群体进行遗传多样性分析(各个群体中试验个体采用随机取样的方式采集20～40个样本,经分子鉴定后确定实验个体的数量共计287个),为其良种选育以及种质资源保护提供理论依据。本研究主要结果如下:(1)磁珠富集法开发熊本牡蛎微卫星。从熊本牡蛎基因组中共开发出13对具多态性的微卫星引物,并利用广东珠海野生熊本牡蛎群体(共26个个体)对这13对位点进行遗传多样性分析评价。所有位点共扩增出133个等位基因,等位基因数(Na)从2到22个不等,有效等位基因数(Ne)为1.9538～16.4878,观测杂合度(Ho)为0.0769～1.0000,期望杂合度(He)为0.0477～0.9578,Shannon-wiener指数(I)为0.6813～2.9285,多态信息含量(PIC)的范围为0.3690～0.9360,平均PIC值为0.7274。结果表明:开发的13个微卫星标记具有较高的多态性,可用于熊本牡蛎群体遗传多样性分析、个体鉴定、育种选育等研究。(2)熊本牡蛎养殖、野生群体遗传多样性分析。利用上述开发的13个熊本牡蛎微卫星分子标记合成相应的荧光引物,分别评价了2个熊本牡蛎养殖群体和7个熊本牡蛎野生群体的遗传多样性。结果显示:所有位点经扩增共得到1023个等位基因。2个养殖群体中:(1)美国熊本牡蛎养殖群体1(群体选育第5代)(MG)的等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农-威纳指数(I)、多态信息含量(PIC)平均值分别为9.0000、4.1342、0.7212、0.7158、1.5332、0.6630。(2)美国熊本牡蛎养殖群体2(群体选育第2代)(AF2)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:6.9231、3.8111、0.6766,0.6750、1.4318、0.6294。7个野生群体中:(1)广东湛江野生群体(ZJ)等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农-威纳指数(I)、多态信息含量(PIC)平均值分别为:8.6154、5.5450、0.7549、0.7801、1.7318、0.7205。(2)广东珠海野生群体(ZH)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:9.4615、5.9041、0.7200、0.7780、1.7789、0.7274。(3)广东深圳市沙井野生群体(SJ)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:8.000、4.6810、0.8330、0.7564、1.6468、0.7122。(4)广东台山市山咀港南部野生群体(SZ)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:9.3077、5.7513、0.7361、0.7690、1.7421、0.7203。(5)广东台山市山咀港北部野生群体(TS)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:10.9231、6.3702、0.7617、0.7595、1.7838、0.7128。(6)广东台山市下川岛南部野生群体(TXX)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:8.8462、5.6870、0.7229、0.7528、1.6778、0.6971。(7)广东台山市下川岛北部野生群体(TSM)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:8.6154、5.8357、0.8068、0.7920、1.7669、0.7349。9个熊本牡蛎群体的多态信息含量PIC均值都>0.5,全部为高度多态。研究结论:(1)新开发的13个微卫星标记均表现为中度或高度多态,具有较高的多态性,可用于熊本牡蛎的群体遗传学分析。(2)群体遗传多样性指数表明,9个熊本牡蛎的群体均处于高度多态水平,具有较大的选育潜力。(3)群体遗传多样性分析发现,2个养殖群体的遗传多样性低于其他7个野生群体,但仍然维持在高度多态水平,说明在熊本牡蛎人工选育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。