第一章：ISSR分子标记技术及其应用 介绍简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat，ISSR)分子标记的原理、方法、特点及其在遗传研究中的应用。ISSR标记技术可以快速、高效、灵敏地检测基因组遗传信息，在动、植物遗传研究中具有广泛的应用前景。 第二章：绒螯蟹ISSR-PCR反应体系与反应条件的优化 以绒螯蟹基因组DNA为材料，分析了DNA浓度、Mg<2+>浓度、引物浓度、dNTP浓度，以及引物的退火温度对ISSR-PCR扩增结果的影响，筛选出了扩增稳定、条带清晰、多态性丰富的8条ISSR引物，建立了绒螯蟹ISSR-PCR的最佳反应体系及PCR扩增条件，为利用ISSR标记技术开展绒螯蟹种群遗传多样性分析等工作奠定了基础。 第三章用ISSR标记检测中国大陆7水系绒螯蟹种群的遗传多样性 用ISSR分子标记探讨了中国大陆7水系绒螯蟹(Mitten crab)的遗传多样性及其遗传分化。在30条ISSR引物中筛选了10条扩增稳定、条带清晰、多态性高的引物。共获得92条清晰条带，其中61条具有多态性，多态条带比(PPB)66.3％。各水系绒螯蟹的多态带百分比在6.52％～58.70％之间，平均为32.14％。长江水系和湛江青年河水系绒螯蟹的遗传多样性较高，而闽江和瓯江水系表现出的遗传多样性较低。7水系绒螯蟹种群之间表现出较高水平的遗传分化(Gst=0.5802)，南方3水系的绒螯蟹与北方4水系绒螯蟹之间的遗传距离明显大于南北方水系内部的遗传距离。在UPMGA聚类树上，南方3水系与北方4水系分化成两大分支，对应于中国大陆南方水系的合浦绒螯蟹和北方水系的中华绒螯蟹。来自瓯江、辽河和鸭绿江3水系的个体(除2个体外)分别独立聚成3个支系(OJ、LH、YLJ支)，且这3支系又分别嵌套在长江水系绒螯蟹的支系之内，表明它们与长江水系种群有着密切的亲缘关系，据此推测，这3个种群可能都来源于长江水系。此外，本文基于ISSR标记技术对混入南方水系的2中华亚种单元型的分析，提出了中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹两亚种发生遗传渐渗的证据。本文采用ISSR标记对我国7水系绒螯蟹种群遗传多样性与遗传分化的分析，建议将南流江水系及北方各水系绒螯蟹种群作为独立的管理单元加以保护，并认为对长江天然种群进行必要的遗传管理，包括保证有效的水系内部的基因交流和防止其它水系种群的流入等，是恢复长江河蟹优良种质资源的有效途径。