猪卵巢卵泡期和黄体期的转录组特征及差异基因筛选

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在生殖系统中,卵巢是一个十分重要的器官,通过分泌生殖类固醇激素以及承担卵泡发育的过程来发挥它的作用。性成熟后哺乳动物卵巢上卵泡经历着发育到排卵的各个阶段,在卵巢形态组织学上卵巢分为卵泡期和黄体期。本研究以相似年龄处于不同发情周期的猪卵巢为研究对象,进行了转录组高通量测序,探明了处于黄体期与卵泡期的猪卵巢基因差异表达情况,并对差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)进行统计分析、GO富集分析和KEGG通路分析,以探究目标基因潜在的生物学功能。根据对10个基因进行实时荧光定量分析,并对比测序结果以验证RNA-seq的准确性。具体研究内容和试验结果如下:(1)对处于黄体期与卵泡期的猪卵巢转录组测序中,共得出4532个基因在两组中差异表达,85个基因只在FP组中表达,851个基因只在LP组中表达。差异基因共显著性富集在361个GO条目和33个通路中,主要包括碳代谢过程、脂肪酸代谢过程等生物学通路。(2)分析筛选出17个候选基因可能在卵巢黄体期和卵泡期转变过程中,对调节卵泡发育、卵泡闭锁、排卵、黄体的发育及萎缩、类固醇激素分泌等生殖活动中具有重要作用。(3)选择了 10个基因(AREG、TM7SF2、SC4MOL、FDPS、HSD1 7B7、DHCR24、IDH2、CYP51、CTSL、SCD)进行qPCR试验验证,结果与RNA-seq测序结果拟合度较强。
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