【摘 要】
：
【背景及目的】在世界范围内泌尿外科临床疾病中,膀胱癌是最常见的恶性肿瘤之一。膀胱癌的发生,影响了患者的生活质量,降低了患者生存时间。然而膀胱癌的具体发病原因尚不明确,晚期膀胱癌患者生存预后较差,治疗手段有限,因此,寻找对膀胱癌的可靠分子标记物和治疗靶点一直是膀胱癌研究的热点。本研究通过提取GEO及TCGA数据库中相关膀胱癌数据,使用R软件及相关扩展包,分析和挖掘与膀胱癌发生密切相关的基因,探讨相关
论文部分内容阅读
【背景及目的】在世界范围内泌尿外科临床疾病中,膀胱癌是最常见的恶性肿瘤之一。膀胱癌的发生,影响了患者的生活质量,降低了患者生存时间。然而膀胱癌的具体发病原因尚不明确,晚期膀胱癌患者生存预后较差,治疗手段有限,因此,寻找对膀胱癌的可靠分子标记物和治疗靶点一直是膀胱癌研究的热点。本研究通过提取GEO及TCGA数据库中相关膀胱癌数据,使用R软件及相关扩展包,分析和挖掘与膀胱癌发生密切相关的基因,探讨相关基因致病的分子机制,为寻找膀胱癌发生相关的基因及机制提供生物信息学基础。【资料和方法】本研究从PUBMED GEO数据库中筛选并下载基因芯片数据集GSE130598,使用R软件和相关扩展包完成基因芯片数据预处理,以此来筛选出膀胱癌组织和癌旁组织之间表达显著差异基因,然后用R软件对差异基因进行基因功能GO富集分析和KEGG通路富集分析,最后用STRING网站构建差异表达基因的蛋白-蛋白互作（PPI）网络,用R软件筛选出核心差异基因。从TCGA数据库中下载膀胱癌基因表达数据,用R软件对数据进行整理和膀胱癌组织和正常组织之间表达显著差异基因分析,通过TCGA数据库中差异表达基因与GEO数据库中核心差异表达基因取交集,获得共有的差异表达基因。通过查阅文献,确定要研究的目标核心基因。并对目标核心基因进行分析,利用GEO数据库中的差异基因。通过Cytoscape找出与之可能具有相互作用的核心差异基因。【结果】1.下载GEO数据库基因芯片GSE130598数据,结合R软件及生物信息学方法,发现肿瘤组和正常组差异表达基因152个,其中表达上调的基因79个,表达下调的基因73个。2.通过对差异基因进行GO和KEGG富集分析,GSE130598数据中差异基因主要富集在MAPK通路,RAS通路及络氨酸磷酸化、丝氨酸/苏氨酸磷酸化等。3.联合GEO及TCGA数据库,使用R软件及生物信息学方法,发现与膀胱癌患者发生可能相关的基因EPHA3。【结论】1.膀胱癌的发生可能与RAS信号通路及MAPK通路的异常激活有关。2.EPHA3基因在膀胱肿瘤中呈低表达,可能是膀胱肿瘤的抑癌基因,但其在膀胱肿瘤发生过程中所扮演的角色,需要我们进一步深入研究。
其他文献
随着光信息技术的发展,光子器件的高度集成化、超快非线性响应和结构微型化成为未来光学研究发展的必然趋势和追求。但是在光子学领域,衍射极限的存在限制了光子集成度的发展。表面等离激元（Surface Plasmon Polaritions,SPPs）作为光和金属表面自由电子相互作用产生的一种特殊电磁波,由于其低维度、强透射与亚波长等特点,为纳米光学集成元件的实现提供可能,成为现代纳米光学研究热点之一。在
随着电路复杂程度的提高和尺寸的日益缩小,测试已成为迫切需要解决的问题,特别是进入超高集成度的发展阶段以来,系统级芯片的功能更加强大以及复杂程度越来越高,同时也带来了一系列的芯片验证和测试问题。测试已成为制约大规模集成电路特别是系统级芯片设计和应用的一个关键因素。测试生成（Test Generation）作为测试的一部分,面临着严峻的挑战。测试生成（Test Generation）是对给定电路的故障
目的:通过利用癌症基因组图谱数据库（TCGA）进行数据挖掘以及生物信息学的分析,本研究发现Sirtuin 7（SIRT7）的表达量高低与前列腺癌（PCa）患者的生存结局密切相关。SIRT7具有去乙酰化酶活性,在癌症中通常呈上调表达,多与肿瘤的表观遗传学调控相关。但是,SIRT7在前列腺癌细胞的生长、转移以及患者生存预后的调控机制尚未完全明晰。因此,本次研究的主要目的是初步探讨SIRT7在PCa的发
背景:日间手术是近年来快速发展起来的一种新型手术诊疗、管理模式,其要求为患者从办理入院、接受手术、出院均在24小时（特殊情况下可放宽至48小时）内完成。目前泌尿外科正大力开展日间手术,已逐渐尝试将输尿管硬镜碎石术、组合式硬镜（硕通镜）碎石术、输尿管软镜碎石术等微创术式应用到日间手术模式中以治疗上尿路结石。但是日间手术模式下这三种微创上尿路结石治疗方式的有效性和安全性存在一定差异,需要更多的临床观察
背景和目的弥漫型胶质瘤是最常见的颅内恶性神经上皮肿瘤,有高致残率、高复发性及生存预后较差等特点。传统治疗方案使患者的受益有限,且无成熟有效的靶向治疗方案,因而对于新的靶点的研究将有助于对胶质瘤的认识及新治疗方案的开发。突触和突触相关蛋白被发现在阿尔茨海默症、帕金森病各种神经退行性疾病以及胶质母细胞瘤、脑转移瘤等颅内肿瘤的发病过程中都扮演着重要的角色。然而,在Ⅱ/Ⅲ级脑胶质瘤中,突触相关蛋白的表达及
随着激光技术的发展,超强激光与物质相互作用已经成为物理学前沿中一个重要的研究领域,尤其是少周期飞秒激光脉冲技术的发展为人们在阿秒时间尺度上理解和控制电子动力学提供了强有力的手段。对于少周期激光脉冲,激光电场的形状依赖于载波-包络相位（CEP）。通过改变CEP,可以控制少周期激光脉冲的电场从而操控超快电子动力学。2001年,Paulus等人在实验中第一次观测到载波-包络相位对光电子发射的影响。之后,
短期交通流预测作为交通诱导和交通管理的关键技术,是智能交通系统中至关重要的一部分。准确及时的交通流信息直接影响到智能交通系统的成功部署。然而,由于交通流内在的随机性和外部噪声,交通流数据呈现较强的不确定性、非线性等特性,经常变现为上下波动的趋势及断断续续的振荡,预测模型需要分辨哪些是噪声,哪些是反映交通流突变的细微线索,因此找到既稳健又准确的预测算法仍然是一项具有挑战性的任务。本文的研究工作主要围
居住环境质量的高低直接影响着学生的行为及心理,在教育大力发展的今天,关注学生本身的发展能更好的体现出教育的本质。与他们息息相关的则是他们每天生活的圈子——居住区,关注居住区环境实际就是促进教育向更好的方向发展。潮汕地区带有南方最常有的气候特征,炎热、潮湿,再加上其独特的建筑文化,使得地方建筑也很有特色。结合潮汕地区的特点,如何对目前潮汕地区高职院校居住环境进行优化,使潮汕地区高职院校学生居住区环境
乳腺癌已经成为女性中最常见的癌症,现在的死亡率已经占女性所有癌症死亡率首位。事实上,在乳腺癌进展中观察到的许多异常通路和恶性生物学过程与正常乳腺发育和组织重塑过程相似。已发表的研究证明,Wnt-Cadherin信号通路控制脂肪垫中初始上皮细胞侵袭乳腺导管延伸,并调节其持续的可塑性,与恶性乳腺上皮细胞在浸润,迁移和克隆生成中所发生的非常相似。此外,许多研究者还在小鼠乳腺模型系统的基础上,通过敲除某一
背景库欣溃疡（Cushing’s ulcer）主要见于创伤性颅脑损伤、颅脑肿瘤、大脑出血性/缺血性卒中等中枢神经系统病变或作为颅脑手术后的严重并发症出现。尽管近年来临床工作者越来越重视对胃肠功能障碍和损伤的防治,但因其发病机制尚不完全明确,并且防治手段较为单一,导致患者治疗效果欠佳,发病率及致死率偏高。有大量研究表明,急性中枢神经系统损伤后自主神经系统调节异常在颅脑创伤后胃肠黏膜损伤中起重要作用。