海洋观赏虾因其美丽的外观,能有效清除某些有害生物以及可与海洋观赏鱼和其他海洋生物和谐共存而深受水族爱好者的欢迎。鞭腕虾作为海洋观赏虾重要的一个类群,在水族市场中极受欢迎。有关性腺系统和人工繁育方面的研究备受科研工作者关注,但有关鞭腕虾属级归类及部分种的鉴定存在很大争议。本研究以条纹存在明显差异却命名相同的红条鞭腕虾繁育后代为实验对象,首先采用形态学、分子生物学及繁殖生物学相结合的多学科方法,判断条纹存在明显差异的两个个体是否属于红条鞭腕虾同一生物型。其次,通过基因组测序技术测定两种鞭腕虾线粒体全基因组序列,并解析基因组结构特征。最后,结合Genbank数据库中已有的十足目虾类线粒体基因组序列构建系统发育树,并结合已知化石记录进行分歧时间估算,旨在为鞭腕虾科其他物种进化和分歧时间估算提供参考。本文主要研究结果如下:1.条纹存在明显差异的两个红条鞭腕虾个体不属同一生物型。在形态上,背部有明显横纹的鞭腕虾条纹颜色成红棕色,甲壳和腹部横纹明显,额角腹齿间隔均匀;背部有明显纵向条纹的鞭腕虾条纹颜色成红色,甲壳上存在复杂的纵向、斜向和横向条纹,腹背中部有一条特别明显的纵向条纹,额角腹齿最前端两齿间隔较大,尾节左右各有一条纵向条纹。基于16S、12S和16S+12S分别构建的系统发育树显示两虾不在同一分支上。此外,生殖隔离实验表明两虾之间存在生殖隔离。我们将背侧有明显横条纹的个体称为横纹鞭腕虾（Lysmata vittata）,背部横条纹特别不明显,有明显的纵向条纹的个体重新命名为竖纹鞭腕虾（Lysmata verticalis sp.nov.）。2.横纹鞭腕虾线粒体全基因组序列长22003 bp,比正常动物线粒体基因组序列长7 kb左右,其中cox1和trn L2之间的基因间隔区最长,为3821 bp,是目前十足类动物中线粒体全基因组序列最长的物种,AT含量为71.50%且AT偏度为-0.04。竖纹鞭腕虾线粒体全基因组序列长16758 bp,trn L2和cox2之间的基因间隔区最长,为946 bp,AT含量为64.43%且AT偏度为-0.002。在基因排列顺序方面,与十足目（Decapoda）线粒体基因组的原始排列相比,竖纹鞭腕虾的基因排列顺序未发生改变,横纹鞭腕虾的两个t RNA基因（trn A和trn R）位置发生了易位。3.基于线粒体基因组13 PGGs核苷酸序列和氨基酸序列分别构建系统发育树显示两种鞭腕虾自聚为一支,亲缘关系最近且节点具有较高的可信度。采用不同的方法构建系统发育树均获得基本一致的拓扑结构,认为其结果可信度较高。根据分子钟估算结果推测,鞭腕虾科物种可能起源于三叠纪,横纹鞭腕虾和竖纹鞭腕虾的分化大约发生在侏罗纪时代。综上所述,本研究采用多学科相结合的方法对条纹存在明显差异的两个个体是否属于红条鞭腕虾同一生物型进行鉴定,发现这两个个体不属于同一生物型,并将背侧有明显横条纹的个体称为横纹鞭腕虾（Lysmata vittata）,背部有明显纵向条纹的个体重新命名为竖纹鞭腕虾（Lysmata verticalis sp.nov.）。利用基因组测序测定两种鞭腕虾的线粒体基因组并进行结构和系统进化分析。希望通过本研究可以为今后鞭腕虾的形态、分类和生态研究提供了依据,为发展水产养殖和合理利用渔业资源打下基础。